A multiplex quantitative PCR assay

A multiplex quantitative PCR assay has been designed to amplify target sequences of different length, which allows for the assessment of DNA degradation in samples of forensic interest. The targets were chosen to provide quantification and fragment length information relevant to the STR amplification targets commonly used for forensic genotyping. The longer target (nuTH01, 170–190 bp) spans the TH01 STR locus. Although not one of the longest loci used for STR genotyping, it was chosen as a good compromise given the target length limitations on qPCR efficiency with TaqMan® detection. The shorter target (nuCSF, 67 bp) was designed in the upstream flanking region of the CSF1PO STR locus. In addition to these human nuclear targets, the assay includes an internal PCR control target sequence to allow for an assessment of PCR inhibition. The assay was rigorously tested on samples with varying amounts of degradation, and the ratio of nuCSF:nuTH01 quantifications was shown to provide a good estimation of the degree of degradation present in a sample. This estimate, along with the internal control for PCR inhibition, provides a valuable tool for post-extraction sample assessment.

Results (Thai) 1:

multiplex PCR วิเคราะห์เชิงปริมาณที่ได้รับการออกแบบมาเพื่อขยายลำดับเป้าหมายของความยาวที่แตกต่างกันซึ่งจะช่วยให้การประเมินการย่อยสลายของดีเอ็นเอในตัวอย่างที่น่าสนใจทางนิติวิทยาศาสตร์ เป้าหมายได้รับการแต่งตั้งเพื่อให้ปริมาณและข้อมูลระยะเวลาในส่วนที่เกี่ยวข้องกับเป้าหมายการขยายทีที่ใช้กันทั่วไปสำหรับ genotyping นิติวิทยาศาสตร์ เป้าหมายอีกต่อไป (nuth01,170-190 bp) ครอบคลุมสถานทีที TH01 แม้ว่าจะไม่เป็นหนึ่งในตำแหน่งที่ยาวที่สุดที่ใช้สำหรับการ genotyping ทีก็เป็นทางเลือกที่ประนีประนอมที่ดีที่กำหนดข้อ จำกัด ระยะเวลาเป้าหมายที่มีต่อประสิทธิภาพ qpcr ด้วย TaqMan ®การตรวจสอบ เป้าหมายที่สั้นกว่า (nucsf, 67 bp) ได​​้รับการออกแบบในภูมิภาคขนาบต้นน้ำของสถ​​านทีที csf1po นอกเหนือไปจากเป้าหมายนิวเคลียร์ของมนุษย์เหล่านี้ทดสอบรวม​​ถึงการควบคุม pcr ลำดับเป้าหมายภายในเพื่ออนุญาตให้มีการประเมินผลของการยับยั้ง pcr ทดสอบได้รับการทดสอบอย่างจริงจังกับตัวอย่างที่มีจำนวนแตกต่างกันของการย่อยสลายและอัตราส่วนของ nucsf: quantifications nuth01 ก็แสดงให้เห็นที่จะให้การประเมินที่ดีของระดับของการย่อยสลายที่มีอยู่ในตัวอย่าง ประมาณนี้พร้อมกับการควบคุมภายในในการยับยั้ง PCR,ให้เครื่องมือที่มีคุณค่าสำหรับการประเมินการสกัดตัวอย่างโพสต์

Results (Thai) 2:

ทดสอบ PCR เชิงปริมาณ multiplex ได้รับการออกแบบขยายเป้าหมายลำดับความยาวแตกต่างกัน ซึ่งช่วยให้สำหรับการประเมินการสร้างดีเอ็นเอในตัวอย่างที่น่าสนใจทางนิติวิทยาศาสตร์ เป้าหมายที่ถูกเลือกจะให้นับ และแยกส่วนความยาวของข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับเป้าหมายขยาย STR ใช้สำหรับ genotyping นิติเวช เป้าหมายอีกต่อไป (nuTH01 170–190 bp) ครอบคลุมโลกัสโพล TH01 STR แม้ไม่หนึ่ง loci ที่ยาวที่สุดที่ใช้สำหรับ STR genotyping มันถูกเลือกเป็นการประนีประนอมดีให้ข้อจำกัดความยาวเป้าหมายประสิทธิภาพ qPCR กับตรวจ TaqMan ® เป้าหมายสั้นลง (nuCSF, 67 bp) ถูกออกแบบในภูมิภาค flanking ขั้นต้นน้ำของโลกัสโพล CSF1PO STR นอกจากเป้าหมายนิวเคลียร์เหล่านี้มนุษย์ การวิเคราะห์ภายใน PCR ควบคุมเป้าหมายลำดับตัวเพื่อให้การประเมินของ PCR ยับยั้งไว้ ทดสอบถูกทดสอบในตัวอย่างที่มีจำนวนแตกต่างย่อยสลาย และอัตราส่วนของ nuCSF:nuTH01 quantifications ได้แสดงให้ประเมินระดับของการย่อยสลายในตัวอย่างที่ดี ประเมินนี้ พร้อมกับการควบคุมภายในในการยับยั้งการ PCR มีเครื่องมือที่มีคุณค่าสำหรับการประเมินหลังการสกัดตัวอย่าง

Results (Thai) 3:

สอบ pcr แบบมัลติเพล็กซ์เชิงปริมาณที่ได้รับการออกแบบเพื่อเพิ่มซีเควนซ์ของเป้าหมายของความยาวที่แตกต่างกันซึ่งช่วยให้การประเมินผลการปฏิบัติงานของการเสื่อม สภาพ จากดีเอ็นเอในตัวอย่างของความสนใจนิติวิทยาศาสตร์ เป้าหมายที่ได้รับเลือกให้ข้อมูลความยาวสักเท่าไหร่และที่เกี่ยวข้องกับกลุ่มเป้าหมายจึงจำเป็นต้องมีการขยายสัญญาณเสียง STR ได้ให้ใช้โดยทั่วไปสำหรับ genotyping Forensic Search เป้าหมายอีกต่อไป( nuth 01STR 170-190 BP )ครอบคลุมที่ 01 สภาพ . co . th แม้ว่าจะไม่ได้เป็นหนึ่งใน สภาพ ยาวที่สุดที่ใช้สำหรับ genotyping STR มันจะได้รับเลือกเป็นความดีที่ได้รับการจำกัดความยาวเป้าหมาย ประสิทธิภาพ ในการตรวจจับ qpcr taqman ® เป้าหมายระยะสั้น( nucsf 67 BP )ได้รับการออกแบบมาในเขตพื้นที่ต้นน้ำที่ขนาบข้างของใบสั่งซื้อยางแท่ง STR สภาพ CSF ปิด 1 ในการไปยังเป้าหมายนิวเคลียร์ของมนุษย์เหล่านี้สอบรวมถึงหมายเลขเป้าหมายการควบคุม pcr ภายใน เพื่อช่วยให้การประเมินผลการปฏิบัติงานของยับยั้ง pcr สอบที่ได้รับการทดสอบแล้วในตัวอย่างมีจำนวนแตกต่างกันการเสื่อม คุณภาพ อย่างเข้มงวดและสัดส่วนของ quantifications nucsf : nuth 01 ก็แสดงให้ประเมินผลที่ดีในระดับของการเสื่อม สภาพ ในตัวอย่าง ประมาณแห่งนี้พร้อมด้วยการควบคุม ภายใน สำหรับยับยั้ง pcrจัดให้บริการเครื่องมือที่มีคุณค่าสำหรับการประเมินผลการปฏิบัติงานตัวอย่างหลังการขุด.