Mitochondrial DNA (mtDNA) is widely

Mitochondrial DNA (mtDNA) is widely used for DNA analysis of highly degraded samples because of its polymorphic nature and high number of copies in a cell. However, as endogenous mtDNA in deteriorated samples is scarce and highly fragmented, it is not easy to obtain reliable data. In the current study, we report the risks of direct sequencing mtDNA in highly degraded material, and suggest a strategy to ensure the quality of sequencing data. It was observed that direct sequencing data of the hypervariable segment (HVS) 1 by using primer sets that generate an amplicon of 407 bp (long-primer sets) was different from results obtained by using newly designed primer sets that produce an amplicon of 120–139 bp (mini-primer sets). The data aligned with the results of mini-primer sets analysis in an amplicon length-dependent manner; the shorter the amplicon, the more evident the endogenous sequence became. Coding region analysis using multiplex amplified product-length polymorphisms revealed the incongruence of single nucleotide polymorphisms between the coding region and HVS 1 caused by contamination with exogenous mtDNA. Although the sequencing data obtained using long-primer sets turned out to be erroneous, it was unambiguous and reproducible. These findings suggest that PCR primers that produce amplicons shorter than those currently recognized should be used for mtDNA analysis in highly degraded samples. Haplogroup motif analysis of the coding region and HVS should also be performed to improve the reliability of forensic mtDNA data.

Results (Thai) 1:

ยลดีเอ็นเอ (mtDNA) ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางสำหรับการวิเคราะห์ดีเอ็นเอของตัวอย่างเสื่อมโทรมอย่างมากเพราะของธรรมชาติและความหลากหลายจำนวนมากของชุดในเซลล์ แต่เป็น mtDNA ภายนอกในตัวอย่างที่แย่ลงคือหายากและแยกส่วนอย่างมากมันไม่ง่ายที่จะได้รับข้อมูลที่เชื่อถือได้ ในการศึกษาในปัจจุบันที่เรารายงานความเสี่ยงของการ mtDNA ลำดับโดยตรงในวัสดุที่เสื่อมโทรมอย่างมากและแนะนำกลยุทธ์เพื่อให้แน่ใจว่าคุณภาพของข้อมูลลำดับ มันถูกตั้งข้อสังเกตว่าข้อมูลลำดับโดยตรงของส่วน hypervariable (HVS) 1 โดยใช้ชุดไพรเมอร์ที่สร้าง amplicon จาก 407 bp (ชุดยาวไพรเมอร์) มีความแตกต่างจากผลที่ได้รับโดยใช้การออกแบบใหม่ชุดไพรเมอร์ที่ผลิต amplicon จาก 120 - 139 bp (ชุดมินิไพรเมอร์)ข้อมูลสอดคล้องกับผลที่ได้จากมินิไพรเมอร์ชุดการวิเคราะห์ในลักษณะที่ขึ้นอยู่กับระยะเวลาใน amplicon; สั้น amplicon ที่ชัดเจนมากขึ้นตามลำดับภายนอกกลายเป็น การเข้ารหัสการวิเคราะห์การใช้พื้นที่หลายขยายความหลากหลายของผลิตภัณฑ์ที่มีความยาวเผยให้เห็นความหลากหลายของ incongruence เบื่อหน่ายเดียวระหว่างภูมิภาคและการเขียนโปรแกรม HVS 1 ที่เกิดจากการปนเปื้อนด้วย mtdna ภายนอกแม้ว่าข้อมูลที่ได้รับการจัดลำดับโดยใช้ชุดยาวไพรเมอร์จะกลายเป็นความผิดพลาดมันเป็นที่ชัดเจนและสามารถทำซ้ำ การค้นพบนี้แสดงให้เห็นว่าไพรเมอร์ที่ผลิต pcr amplicons สั้นกว่าผู้ที่ได้รับการยอมรับในปัจจุบันควรจะใช้ในการวิเคราะห์ mtDNA ในตัวอย่างเสื่อมโทรมสูงแฮ็ปโลกรุ๊ปวิเคราะห์มาตรฐานของภูมิภาคและการเขียนโปรแกรม HVS ควรที่จะดำเนินการเพื่อเพิ่มความน่าเชื่อถือของข้อมูล mtdna นิติวิทยาศาสตร์

Results (Thai) 2:

อย่างกว้างขวาง mitochondrial DNA (mtDNA) ใช้สำหรับการวิเคราะห์ดีเอ็นเออย่างสูงเสื่อมโทรมของธรรมชาติ polymorphic และจำนวนสำเนาในเซลล์สูง อย่างไรก็ตาม endogenous mtDNA ในตัวอย่าง deteriorated เป็นสิ่งที่หายาก และมีการกระจายตัวสูง ไม่ใช่เรื่องง่ายเพื่อให้ได้ข้อมูลที่เชื่อถือ ในการศึกษาปัจจุบัน เราได้รายงานความเสี่ยงของ mtDNA ลำดับโดยตรงในวัสดุเสื่อมโทรมสูง และแนะนำกลยุทธ์การตรวจสอบคุณภาพของข้อมูลลำดับ จะถูกตรวจสอบข้อมูลที่จัดลำดับโดยตรงของเซ็กเมนต์ hypervariable (HVS) 1 โดยใช้ชุดพื้นที่ amplicon การสร้างของ 407 bp (รองพื้นลองชุด) แตกต่างจากผลลัพธ์ที่ได้ โดยใช้ชุดพื้นออกแบบใหม่ที่เป็น amplicon ของ 120–139 bp (ชุดมินิพื้น) ข้อมูลที่สอดคล้องกับผลการวิเคราะห์ชุดมินิพื้นในลักษณะขึ้นอยู่กับความยาวของ amplicon amplicon ที่สั้นลง เห็นได้ชัดมากขึ้นเป็นลำดับ endogenous รหัสภูมิภาควิเคราะห์ใช้เอาต์ต่าง ๆ ๅยาวผลิตภัณฑ์ polymorphisms เปิดเผย incongruence ของนิวคลีโอไทด์เดี่ยว polymorphisms ระหว่างภูมิภาคและ HVS 1 รหัสสาเหตุปนกับ mtDNA บ่อย แม้ว่าข้อมูลที่จัดลำดับได้ใช้รองพื้นลองชุดให้มีข้อผิดพลาด ไม่ชัดเจน และจำลอง ผลการวิจัยเหล่านี้แนะนำว่า ควรใช้ไพรเมอร์ PCR ที่ผลิต amplicons สั้นกว่าปัจจุบันรู้จักวิเคราะห์ mtDNA ในตัวอย่างเสื่อมโทรมมาก Haplogroup วิเคราะห์สาระสำคัญของภูมิภาคและ HVS รหัสควรดำเนินการปรับปรุงความน่าเชื่อถือของข้อมูลทางนิติวิทยาศาสตร์ mtDNA

Results (Thai) 3:

ดีเอ็นเอ mitochondrial ( mtdna )จะถูกนำไปใช้ในการวิเคราะห์ดีเอ็นเอของตัวอย่าง ประสิทธิภาพ ลดลงอย่างมากเพราะในธรรมชาติด้วยและจำนวนสูงมากในเซลล์หนึ่งอย่างกว้างขวาง แต่ถึงอย่างไรก็ตามยังเป็น mtdna เองในระยะยาวในตัวอย่างลดลงคือหายากและเป็นที่แนะนำอย่างสูงแบ่งย่อยเอาไว้ไม่ใช่เรื่องง่ายในการรับข้อมูลที่เชื่อถือได้ ในการศึกษาในปัจจุบันที่เราจะรายงานความเสี่ยงที่มาของ mtdna การจัดลำดับโดยตรงในระดับสูงวัสดุถูกปรับระดับลงและขอแนะนำให้กลยุทธ์ที่จะนำไปสู่ความมั่นใจใน คุณภาพ ของข้อมูลการจัดลำดับ มันก็เห็นว่าการจัดลำดับโดยตรงข้อมูลของ hypervariable ตลาด( hvs )โดยการใช้เชื้อปะทุ 1 ชุดที่จะสร้างที่ amplicon ของ 407 BP (ยาว - เชื้อปะทุชุด)ก็แตกต่างจากผลการได้รับจากการใช้ที่ได้รับการออกแบบชุดเชื้อปะทุที่ผลิตที่ amplicon ของ 120 - 139 BP ( mini - เชื้อปะทุชุด)ข้อมูลที่ตรงกับผลที่ได้จากการวิเคราะห์กำหนดมินิ - เชื้อปะทุในลักษณะความยาว - ขึ้นอยู่กับ amplicon ที่สั้นลง amplicon ที่มากขึ้นอย่างเห็นได้ชัดตามลำดับเองในระยะยาวที่กลายเป็น การเข้ารหัสโดยใช้การวิเคราะห์พื้นที่ polymorphisms ผลิตภัณฑ์ - ความยาวแอมพลิฟายแบบมัลติเพล็กซ์เปิดเผย incongruence ของ polymorphisms nucleotide เดี่ยวระหว่าง hvs และ ภูมิภาค การเข้ารหัสที่ 1 เกิดจากการปนเปื้อนด้วย mtdna exogenousแม้ว่าข้อมูลที่ได้รับการจัดลำดับโดยใช้ชุดยาว - เชื้อปะทุออกไปได้ผิดพลาดก็ไม่ซ้ำมีความชัดเจนและเกิดขึ้นซ้ำเดิมได้ การค้นพบเหล่านี้ขอแนะนำให้ว่า primers pcr ซึ่งสร้าง amplicons น้อยกว่าผู้ที่ได้รับการยอมรับว่าในปัจจุบันควรใช้สำหรับการวิเคราะห์ mtdna ในตัวอย่างถูกปรับระดับลงได้การวิเคราะห์ลักษณะของความโดดเด่น haplogroup hvs และเขตพื้นที่ของการเข้ารหัสที่ควรจะดำเนินการเพื่อเพิ่มความน่าเชื่อถือของข้อมูล mtdna นิติวิทยาศาสตร์ยัง