Rev. Sci. Tech. Off. Int. Epiz., 34

Rev. Sci. Tech. Off. Int. Epiz., 34 (3)
No. 19082015-00057-EN 5/13
with 100% sensitivity and specificity. To fulfill these requirements
1,490 samples were needed. To allow for any damage and wastage of
samples during shipment to the laboratory or at the time of processing,
a total of 1,716 samples were collected by the sampling team. The 82
selected villages/sites had similar poultry populations and an average
of 21 samples was collected at each one. Systematic random sampling,
based on the approximate estimated poultry population in each
village/site, was used until the required numbers of samples were
collected. Samples from wild birds were taken randomly from sites
close to or in contact with domestic poultry.
All samples were transported to the National Centre for Animal
Health at Thimphu, with strict maintenance of the cold chain, and
were stored at −80°C. For logistical reasons and because of time
constraints, only 583 of the prospectively collected samples were
tested in PCR assay. To determine whether the novel virus had already
been circulating silently in the poultry and wild bird population prior
to the first report of the first outbreak in China (Table I), a further 150
stored samples previously collected from poultry and wild birds
between January and May 2013 for HPAI (H5N1) surveillance were
tested for avian influenza virus and strain H7N9. Thus, a total of 733
samples (583 prospective, 150 retrospective) were tested on the
assumption that they might be influenza positive, based on details of
when, where and from which species they were collected.
The RNA was extracted from a mix of oropharyngeal, tracheal and
cloacal swabs and faecal droppings using a QIAamp® Viral RNA
Mini Kit (Qiagen, GmbH, Hilden, Germany) according to the
manufacturer’s instructions. A manual centrifugation method was
used. Samples were amplified using a Superscript® III Platinum®
One-step qRT-PCR kit (Invitrogen, Carlsbad, California, United
States) in a Bio-Rad IQTM5 multiplex real-time PCR system for the
detection of type A avian influenza viruses by targeting the matrix
gene. Primers and probes were supplied by the Australian Animal
Health Laboratory (AAHL) of the Commonwealth Scientific and
Industrial Research Organisation (CSIRO) in Geelong, Australia:
forward primer 5′- AGATGAGYCTTCTAACCGAGGTCG -3′,
Rev. Sci.

Results (Indonesian) 1:

Wah Sci. Tech. Off. Int. Epiz., 34 (3)No. 19082015-00057-EN 5/13dengan 100% sensitivitas dan spesifisitas. Untuk memenuhi persyaratan1.490 sampel yang diperlukan. Untuk memungkinkan setiap kerusakan dan pemborosansampel selama pengiriman ke laboratorium atau pada saat pemrosesan,total 1,716 sampel dikumpulkan oleh tim sampling. 82desa/situs yang dipilih telah serupa populasi unggas dan rata-rata21 sampel pada dikumpulkan masing-masing. Sampling acak sistematis,Berdasarkan perkiraan unggas perkiraan populasi masing-masingdesa/situs, digunakan sampai jumlah yang diperlukan dari sampeldikumpulkan. Sampel dari burung liar diambil secara acak dari situsdekat atau berhubungan dengan negri.Semua sampel dipindahkan ke Pusat Nasional untuk hewanKesehatan di Thimphu, dengan ketat pemeliharaan rantai dingin, dandisimpan di −80 ° C. Untuk alasan logistik dan karena waktukendala, hanya 583 sampel dikumpulkan prospektif yangdiuji dalam PCR assay. Untuk menentukan apakah virus baru sudahtelah beredar diam-diam di unggas dan populasi burung liar sebelumnyauntuk laporan pertama pecahnya pertama di Cina (meja saya), 150 lebih lanjutsampel disimpan sebelumnya dikumpulkan dari unggas dan burung liarantara Januari dan Mei 2013 untuk surveilans HPAI (H5N1) yangdiuji untuk virus avian influenza dan ketegangan H7N9. Dengan demikian, total 733sampel (583 calon, 150 retrospektif) diuji padaasumsi bahwa mereka mungkin influenza positif, berdasarkan rincianKapan, dimana dan dari spesies yang mereka dikumpulkan.RNA diambil dari campuran orofaringeal, trakea danusap kloaka dan sampel kotoran dapat dilakukan dengan menggunakan QIAamp ® virus RNAMini Kit (Qiagen, GmbH, Hilden, Jerman) menurutdalam petunjuk pabrik. Metode manual sentrifugasidigunakan. Sampel yang diperkuat menggunakan Superscript ® ® III PlatinumSatu langkah qRT-PCR kit (Invitrogen, Carlsbad, California, InggrisNegara) dalam IQTM5 Bio-Rad multipleks real-time PCR sistem untukDeteksi virus flu burung tipe A dengan menargetkan matriksGen. Primers dan probe disuplai oleh hewan AustraliaLaboratorium Kesehatan (AAHL) Persemakmuran ilmiah danOrganisasi penelitian industri (CSIRO) di Geelong, Australia:meneruskan primer 5 '-AGATGAGYCTTCTAACCGAGGTCG-3 ',Wahyu Sci.

Results (Indonesian) 2:

Rev. Sci. Tech. Off. Int. Epiz., 34 (3)
No. 19.082.015-00.057-EN 13/05
dengan sensitivitas 100% dan spesifisitas. Untuk memenuhi persyaratan ini
1.490 sampel yang diperlukan. Untuk memungkinkan kerusakan dan pemborosan
sampel selama pengiriman ke laboratorium atau pada saat pengolahan,
total 1.716 sampel dikumpulkan oleh tim sampling. 82
karena desa / situs memiliki populasi unggas yang sama dan rata-rata
dari 21 sampel dikumpulkan di masing-masing. Systematic random sampling,
berdasarkan pada perkiraan perkiraan populasi unggas di setiap
desa / situs, digunakan sampai nomor yang diperlukan dari sampel
yang dikumpulkan. Sampel dari burung liar yang diambil secara acak dari situs
dekat atau kontak dengan unggas domestik.
Semua sampel diangkut ke Pusat Nasional untuk Hewan
Kesehatan di Thimphu, dengan perawatan yang ketat dari rantai dingin, dan
disimpan pada -80 ° C. Untuk alasan logistik dan karena waktu
kendala, hanya 583 sampel prospektif yang dikumpulkan
diuji dalam uji PCR. Untuk menentukan apakah virus baru sudah
beredar diam-diam pada populasi unggas dan burung liar sebelum
laporan pertama dari wabah pertama di Cina (Tabel I), selanjutnya 150
sampel yang disimpan sebelumnya dikumpulkan dari unggas dan burung liar
antara Januari dan Mei 2013 untuk HPAI (H5N1) surveilans yang
diuji untuk virus flu burung H7N9 dan ketegangan. Dengan demikian, total 733
sampel (583 calon, 150 retrospektif) diuji pada
asumsi bahwa mereka mungkin influenza positif, berdasarkan rincian
kapan, di mana dan dari mana spesies mereka dikumpulkan.
RNA diekstraksi dari campuran orofaringeal , trakea dan
kloaka penyeka dan kotoran feses menggunakan QIAamp® Viral RNA
Mini Kit (Qiagen, GmbH, Hilden, Jerman) sesuai dengan
instruksi pabrik. Sebuah metode sentrifugasi petunjuk yang
digunakan. Sampel diperkuat menggunakan Superscript® III Platinum®
Satu-langkah QRT-PCR kit (Invitrogen, Carlsbad, California, Amerika
Serikat) dalam real-time PCR sistem Bio-Rad IQTM5 multipleks untuk
mendeteksi tipe A virus flu burung dengan menargetkan matriks
gen. Primer dan probe yang disediakan oleh Australia Hewan
Laboratorium Kesehatan (AAHL) dari Ilmiah dan
Organisasi Penelitian Industri (CSIRO) di Geelong, Australia:
maju primer 5'AGATGAGYCTTCTAACCGAGGTCG -3 ',
Rev. Sci.