Ты помирился со своим другом, тот который атеист You made peace with his friend, the one who atheist You are reconciled with his friend, the one who is atheist
Ты помирился со своим другом, тот который атеист Вы заключили мир со своим другом, тот , кто атеист Вы примирились со своим другом, тот , кто является атеистом