3.4. Identification of high molecular weight proteins By “on polymer”d translation - 3.4. Identification of high molecular weight proteins By “on polymer”d Thai how to say

3.4. Identification of high molecul

3.4. Identification of high molecular weight proteins By “on polymer”digestion
To verify tentative protein identifications on PE-UHMW material, adsorbed proteins have to been zymatically digested
and the generated peptides have to be sequenced by mass
spectrometry. To perform enzymatic treatment comparable
to “on-tissue” digestion described in literature, the possibility of analyte delocalization after trypsin application was
investigated. Using the piezo printer a20 pM albumin solution was applied at a resolution of 100 m covering 25 mm2
homogeneously on an ITO surface and dried at room temperature. Trypsin was applied in a small rectangular shape
(2×5mm,100 m resolution) in the central area of the albumin square with the piezo printer before the sample was
incubated overnight at37 ◦C in an atmosphere saturated
with ethanol/water(1:1,v/v). Solvents were removed on the
next day by vacuum drying and MALDI matrix was applied
as described again with the piezo printer. In MSI analysis
the localization of albumin related peptides was investigated
(Fig.5). Albumin wasidentified by peptide mass fingerprinting
and selected peptides further identified by PSD fragmentation. It could be demonstrated that albumin fragments were
primary located in the area of previous trypsin application at
a lateral resolution of 80 m. The intensity distribution of the
non-normalized data set shown in Fig.5 reveals several signals outside the defined area, which can be related to artifacts
or slight peptide diffusion. Data normalization based on the
TIC levels those signals out and reveals them as noise.
After proofing the peptide localization and protein identification process of the MSI approach with albumin, proteins
adsorbed to PE-UHMW were investigated.For enzymatic
treatment of PE-UHMW after synovia incubation,trypsin
was applied on the total polymer surface. For this, buffer
adjustment turned out to be very critical as PE-UHMW is
sensitive to basic pH and thus polymer hydrolysis can occur
already at pH8.5 (a pH usually adjusted forefficient tryptic digestion).The addition of Rapigest solution to enhance
proteolytic degradation by denaturing proteins allowed pH
adjustment to7.5.At this pH value sufficient enzymatic cleavage of protein was observed while polymer hydrolysis was
prevented.
During the MALDI process PE-UHMW acts as an insulating
material. This effect usually results in peak broadening due
to increased energy transfer for ion desorption/ion ization and
therefore increased energy distributions as well asdecreased
ion extraction efficiencies.While this disadvantageous behavior is not critical for intact protein analysis as pointed out
before,it clearly limits the possibilities of unambiguous
protein identification because of low absolute signal intensities and partialloss of mass resolution for the generated
protonated peptides.Onaverage120m/z signals were obtained
within each mass spectrum generated for each position
of the MSI experiment. Mass spectra were compared to
m/z lists derived from in silico digests of already identified
proteins. It was possible to correlate m/z values with peptides belonging to proteins presentin synovia. Fig.6 shows
an exemplary profile spectrum of an“ on-polymer” digest
and the annotation of tryptic peptides for each identified
protein.
For unambiguous identification peptides were fragmented
By PSD experiments, however, signal intensities were only
sufficient to generate neutral losses from the precursor ion
and fragments related to the first few amino acids from the
termini, which was not sufficient for automated data base
identification but confirmed protein identity when PSD spectra were interpreted manually.
Detected peptide signals were again analyzed for their
distribution on the polymer samples. Similar localization preferences were found as for the respective proteins. Peptide
distribution was particularly correlated with folded PE-UHMW
regions, rough areas and sharp edges. Fig.7 shows the distribution of selected peptide signals associated with albumin
(m/z 1024, [500–508]k. CCTESLVNR.r) and apolipoprotein E(m/z
1104, [97–106]k.RLAVYQAGAR.e).The list of associated peptide fragments(Fig.1) includes all high abundance proteins
and the majority of low abundance proteins were also found
in SDSPAGE analysis.

0/5000
From: -
To: -
Results (Thai) 1: [Copy]
Copied!
3.4. รหัสของโปรตีนน้ำหนักโมเลกุลสูงโดย "บนพอลิเมอร์" ย่อยอาหารตรวจสอบรหัสโปรตีนนอนบนวัสดุ PE UHMW โปรตีน adsorbed การได้ zymatically ต้องและเปปไทด์สร้างขึ้นจะเรียงลำดับตามมวลspectrometry การรักษาเทียบเท่าเอนไซม์ในระบบการย่อยอาหาร "บนเยื่อ" ที่กล่าวถึงในวรรณคดี ของ analyte delocalization หลังจากได้สมัครทริปซินตรวจสอบ ใช้ a20 พิมพ์ piezo น. albumin โซลูชันที่ใช้ที่ความละเอียด 100 เมตรครอบคลุม 25 มม 2 ได้ภายhomogeneously บน ITO ผิว และอบแห้งที่อุณหภูมิห้อง ทริปซินใช้รูปสี่เหลี่ยมขนาดเล็ก(2 × 5 มม. ความละเอียด 100 เมตร) ในบริเวณกลางของ albumin สี่เหลี่ยมกับพิมพ์ piezo ก่อนเป็นตัวอย่าง◦C at37 incubated ค้างคืนในบรรยากาศอิ่มตัวกับ ethanol/water(1:1,v/v) ออกหรือสารทำละลายในการใช้วันถัดไป โดยการอบแห้งและเมทริกซ์ MALDIตามที่อธิบายไว้อีก ด้วยเครื่องพิมพ์ piezo ในการวิเคราะห์ของ MSIแปลของ albumin ที่เกี่ยวข้องกับเปปไทด์ถูกสอบสวน(Fig.5) wasidentified Albumin โดยเพปไทด์ลายพิมพ์จำนวนมากและเปปไทด์เลือกระบุเพิ่มเติม โดยการกระจายตัวของ PSD สามารถแสดงบางส่วนของ albumin ได้หลักของแอพลิเคชันทริปซินก่อนหน้านี้ที่โรงแรมความละเอียดที่ด้านข้างของ 80 เมตร การกระจายความเข้มของการตามปกติไม่ใช่ชุดข้อมูลแสดงใน Fig.5 เผยสัญญาณหลายอยู่นอกพื้นที่กำหนดไว้ ซึ่งสามารถเกี่ยวข้องกับสิ่งประดิษฐ์หรือเพปไทด์น้อยแพร่ ฟื้นฟูข้อมูลตามรับผลิตกระป๋องระดับสัญญาณเหล่านั้นออก และเปิดเผยให้เป็นเสียงหลังจากพิสูจน์อักษรแปลเพปไทด์และโปรตีนรหัสกระบวนการวิธี MSI มี albumin โปรตีนadsorbed การ PE UHMW ถูกสอบสวนสำหรับเอนไซม์ในระบบรักษา PE UHMW หลังจากฟักตัว synovia ทริปซินถูกนำไปใช้บนพื้นผิวของพอลิเมอร์ทั้งหมด สำหรับบัฟเฟอร์นี้ปรับปรุงให้สำคัญเป็น PE UHMWสำคัญการพื้นฐานค่า pH และไฮโตรไลซ์พอลิเมอร์สามารถเกิดขึ้นได้แล้วที่ pH8.5 (pH มักปรับปรุงย่อยอาหาร tryptic forefficient)แห่ง Rapigest โซลูชันเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพสร้าง proteolytic โดย denaturing โปรตีนได้ค่า pHปรับปรุง to7.5.At นี้ค่า pH ค่าพอเอนไซม์ในระบบปริโปรตีนถูกตรวจสอบขณะที่อยู่ในพอลิเมอร์ไฮโตรไลซ์ป้องกันระหว่าง MALDI PE UHMW ที่ทำหน้าที่เป็นฉนวนวัสดุ ผลนี้ผลปกติในช่วง peak broadening ครบกำหนดการโอนย้ายพลังงานที่เพิ่มขึ้นสำหรับ ization desorption/ไอออน ไอออน และดังนั้น การกระจายพลังงานเพิ่มเป็น asdecreased ดีประสิทธิภาพการสกัดไอออนในขณะที่ทำงาน disadvantageous นี้ไม่สำคัญสำหรับการวิเคราะห์โปรตีนเหมือนเดิมที่ชี้ให้เห็นก่อน มันชัดเจนจำกัดจบชัดเจนโปรตีนรหัสสัญญาณต่ำแบบปลดปล่อยก๊าซและ partialloss ของการแก้ปัญหาโดยรวมสำหรับที่สร้างเปปไทด์ protonatedได้รับสัญญาณ Onaverage120m/zภายในแต่ละคลื่นมวลที่สร้างขึ้นสำหรับแต่ละตำแหน่งทดลอง MSI แรมสเป็คตรามวลถูกเปรียบเทียบกับระบุรายการ m/z มาจากใน digests silico ของเรียบร้อยแล้วโปรตีน ก็สามารถสร้างความสัมพันธ์ค่า m/z กับเปปไทด์ของโปรตีน presentin synovia แสดง Fig.6สเปกตรัมการโปรไฟล์ที่ระบุของการ "บนพอลิเมอร์" แยกย่อยและคำอธิบายของเปปไทด์ tryptic สำหรับแต่ละรายการที่ระบุโปรตีนมีกระจัดกระจายเปปไทด์สำหรับระบุชัดเจนโดยทดลอง PSD ไร สัญญาณปลดปล่อยก๊าซถูกเท่านั้นเพียงพอที่จะสร้างความสูญเสียเป็นกลางจากไอออนสารตั้งต้นและชิ้นส่วนที่เกี่ยวข้องกับกรดอะมิโนบางตัวแรกจากการเทอร์มินิ ซึ่งไม่เพียงพอสำหรับฐานข้อมูลอัตโนมัติรหัสแต่ตัวโปรตีนยืนยันเมื่อแรมสเป็คตรา PSD ได้แปลด้วยตนเองเพปไทด์พบสัญญาณได้อีกวิเคราะห์สำหรับการกระจายบนตัวอย่างพอลิเมอร์ พบลักษณะแปลคล้ายกับโปรตีนที่เกี่ยวข้อง เพปไทด์กระจายได้โดยเฉพาะอย่างยิ่ง correlated กับ UHMW PE พับภูมิภาค พื้นที่แบบหยาบ และคมขอบ Fig.7 แสดงการกระจายของเพปไทด์เลือกสัญญาณเชื่อมโยงกับ albumin(m/z 1024, [500-508] คุณ CCTESLVNR.r) และ apolipoprotein E (m/z1104, [97–106]k.RLAVYQAGAR.e)ของเพปไทด์เชื่อมโยง fragments(Fig.1) มีโปรตีนสูงที่อุดมสมบูรณ์ทั้งหมดและยังพบส่วนใหญ่ของโปรตีนความอุดมสมบูรณ์ต่ำในการวิเคราะห์ SDSPAGE
Being translated, please wait..
Results (Thai) 2:[Copy]
Copied!
3.4. Identification of high molecular weight proteins By “on polymer”digestion
To verify tentative protein identifications on PE-UHMW material, adsorbed proteins have to been zymatically digested
and the generated peptides have to be sequenced by mass
spectrometry. To perform enzymatic treatment comparable
to “on-tissue” digestion described in literature, the possibility of analyte delocalization after trypsin application was
investigated. Using the piezo printer a20 pM albumin solution was applied at a resolution of 100 m covering 25 mm2
homogeneously on an ITO surface and dried at room temperature. Trypsin was applied in a small rectangular shape
(2×5mm,100 m resolution) in the central area of the albumin square with the piezo printer before the sample was
incubated overnight at37 ◦C in an atmosphere saturated
with ethanol/water(1:1,v/v). Solvents were removed on the
next day by vacuum drying and MALDI matrix was applied
as described again with the piezo printer. In MSI analysis
the localization of albumin related peptides was investigated
(Fig.5). Albumin wasidentified by peptide mass fingerprinting
and selected peptides further identified by PSD fragmentation. It could be demonstrated that albumin fragments were
primary located in the area of previous trypsin application at
a lateral resolution of 80 m. The intensity distribution of the
non-normalized data set shown in Fig.5 reveals several signals outside the defined area, which can be related to artifacts
or slight peptide diffusion. Data normalization based on the
TIC levels those signals out and reveals them as noise.
After proofing the peptide localization and protein identification process of the MSI approach with albumin, proteins
adsorbed to PE-UHMW were investigated.For enzymatic
treatment of PE-UHMW after synovia incubation,trypsin
was applied on the total polymer surface. For this, buffer
adjustment turned out to be very critical as PE-UHMW is
sensitive to basic pH and thus polymer hydrolysis can occur
already at pH8.5 (a pH usually adjusted forefficient tryptic digestion).The addition of Rapigest solution to enhance
proteolytic degradation by denaturing proteins allowed pH
adjustment to7.5.At this pH value sufficient enzymatic cleavage of protein was observed while polymer hydrolysis was
prevented.
During the MALDI process PE-UHMW acts as an insulating
material. This effect usually results in peak broadening due
to increased energy transfer for ion desorption/ion ization and
therefore increased energy distributions as well asdecreased
ion extraction efficiencies.While this disadvantageous behavior is not critical for intact protein analysis as pointed out
before,it clearly limits the possibilities of unambiguous
protein identification because of low absolute signal intensities and partialloss of mass resolution for the generated
protonated peptides.Onaverage120m/z signals were obtained
within each mass spectrum generated for each position
of the MSI experiment. Mass spectra were compared to
m/z lists derived from in silico digests of already identified
proteins. It was possible to correlate m/z values with peptides belonging to proteins presentin synovia. Fig.6 shows
an exemplary profile spectrum of an“ on-polymer” digest
and the annotation of tryptic peptides for each identified
protein.
For unambiguous identification peptides were fragmented
By PSD experiments, however, signal intensities were only
sufficient to generate neutral losses from the precursor ion
and fragments related to the first few amino acids from the
termini, which was not sufficient for automated data base
identification but confirmed protein identity when PSD spectra were interpreted manually.
Detected peptide signals were again analyzed for their
distribution on the polymer samples. Similar localization preferences were found as for the respective proteins. Peptide
distribution was particularly correlated with folded PE-UHMW
regions, rough areas and sharp edges. Fig.7 shows the distribution of selected peptide signals associated with albumin
(m/z 1024, [500–508]k. CCTESLVNR.r) and apolipoprotein E(m/z
1104, [97–106]k.RLAVYQAGAR.e).The list of associated peptide fragments(Fig.1) includes all high abundance proteins
and the majority of low abundance proteins were also found
in SDSPAGE analysis.

Being translated, please wait..
Results (Thai) 3:[Copy]
Copied!
3.4 . การจำแนกโปรตีนน้ำหนักโมเลกุลสูง โดย "
การย่อยอาหารพอลิเมอร์ เพื่อตรวจสอบเบื้องต้น pe-uhmw การแสดงตัวของวัสดุดูดซับโปรตีน , โปรตีนจะถูกย่อย zymatically
และที่สร้างเปปไทด์มีลำดับโดยมวล
สเปกโทรเมตรี การทำเอนไซม์เปรียบ
" ในการ " ย่อยอธิบายไว้ในวรรณกรรมความเป็นไปได้ของการไม่ประจำที่หลังจากทริปครูโปรแกรม
สอบสวน ใช้ Piezo เครื่องพิมพ์ a20 น. อัลบูมินในสารละลายที่ใช้ที่ความละเอียดของ 100 เมตร ครอบคลุม 25 แน่นเป็นเนื้อเดียวกันบนโตะ
ผิวและแห้งที่อุณหภูมิห้อง เอนไซม์ที่ใช้ใน
รูปร่างสี่เหลี่ยมเล็ก ( 2 ×มม.100 เมตร ความละเอียด ) ในพื้นที่ภาคกลางของอัลบูมินสี่เหลี่ยมกับ Piezo เครื่องพิมพ์ก่อนจำนวน 37 ◦ C
บ่มค้างคืนในบรรยากาศที่อิ่มตัว
กับเอทานอลและน้ำ ( 1 : 1 v / v ) ตัวทำละลายออกในวันถัดไป โดยการอบแห้งและมา ดิ

เป็นเมทริกซ์สูญญากาศใช้อธิบายอีกครั้งกับ Piezo เครื่องพิมพ์ ในการวิเคราะห์ข้อมูลการปรับภาษาของอัลบูมิน

ที่เกี่ยวข้องเปปไทด์ถูกสืบสวน( fig.5 ) อัลบูมินจัดโดยมวลและเปปไทด์ เปปไทด์
เลือกลายเพิ่มเติมระบุ PSD กระจายตัว มันอาจจะแสดงให้เห็นว่าโปรตีนอัลบูมินเป็นเศษ
หลักตั้งอยู่ในพื้นที่ของการเปลี่ยนแปลงก่อนหน้านี้
ความละเอียด 80 เมตรด้านข้างของความเข้มข้นการกระจายของชุดข้อมูลที่แสดงในรูป
ไม่ fig.5 เผยสัญญาณหลายภายนอกกำหนดพื้นที่ซึ่งสามารถที่เกี่ยวข้องกับสิ่งประดิษฐ์
หรือน้อยเปปไทด์แพร่ ข้อมูลการฟื้นฟูตาม
ระดับสัญญาณและพบ TIC เหล่านั้นพวกเขาเป็นเสียง
หลังจากเปปไทด์และโปรตีนการระบุกระบวนการของ MSI ใช้โปรตีนอัลบูมิน พิสูจน์อักษร
ดูดซับเพื่อ pe-uhmw ได้ สำหรับการรักษาของ pe-uhmw หลังจากบ่มเอนไซม์

ทริป synovia ,ถูกนำมาใช้บนพื้นผิวของพอลิเมอร์ทั้งหมด นี้ปรับบัฟเฟอร์
กลับกลายเป็นสำคัญมากเป็น pe-uhmw คือ
ไวต่อด่าง จึงย่อยสลายพอลิเมอร์สามารถเกิดขึ้น
แล้วที่ ph8.5 ( pH มักจะปรับ forefficient อาหารการย่อยอาหาร ) นอกเหนือจากโซลูชั่นเพื่อเพิ่มความสามารถในการย่อยสลาย rapigest
โดยี่ปรับ pH to7.5 โปรตีนให้

ที่ค่า pH ของเอนไซม์ตัวนี้เพียงพอโปรตีนในขณะที่ปฏิกิริยาพอลิเมอร์คือ

ในระหว่างกระบวนการป้องกัน มา ดิ pe-uhmw ทำหน้าที่เป็นฉนวน
วัสดุ นี้มักจะส่งผลในการขยายผลสูงสุดเนื่องจาก
เพิ่มการถ่ายโอนพลังงานไอออนดูดซับไอออน / รับรองเอกสารและ
เพิ่มขึ้นดังนั้นพลังงานกระจายเช่นกัน asdecreased
การสกัดไอออนประสิทธิภาพ .ในขณะที่พฤติกรรมนี้เสียไม่ได้ที่สำคัญสำหรับการวิเคราะห์โปรตีนครบถ้วนเป็นแหลมออก
ก่อน มันชัดเจนขอบเขตความเป็นไปได้ของการระบุโปรตีนชัดเจน
เพราะสัมบูรณ์ที่มีความเข้มของสัญญาณ และ partialloss มวลละเอียดเพื่อสร้างสัญญาณได้

protonated peptides.onaverage120m/z ภายในแต่ละสเปกตรัมมวลที่สร้างขึ้นสำหรับแต่ละตำแหน่ง
ของ MSI ทดลอง มวลสเปกตรัมเปรียบเทียบกับ
M / Z รายการมาจากสำหรับระบุ
แล้วย่อยสลายโปรตีน มันเป็นไปได้ที่จะมีความสัมพันธ์ M / Z ค่า ด้วยเปปไทด์ของโปรตีน presentin synovia . fig.6
สเปกตรัมแสดงโปรไฟล์ที่เป็นแบบอย่างของ " บนพอลิเมอร์ย่อย
และบันทึกย่อของอาหารโปรตีนเปปไทด์แต่ละระบุ
.
สำหรับการแยกส่วนชัดเจน เปปไทด์ คือ
โดย PSD การทดลอง อย่างไรก็ตาม ความเข้มของสัญญาณเท่านั้น
เพียงพอที่จะสร้างความสูญเสียที่เป็นกลางจากสารตั้งต้นไอออน
และชิ้นส่วนที่เกี่ยวข้องกับไม่กี่ครั้งแรก กรดอะมิโนจาก
แทร์มินี่ ซึ่งไม่เพียงพอสำหรับการยืนยันตัวตนฐาน
ข้อมูลอัตโนมัติ แต่โปรตีนเมื่อ PSD SPECTRA ถูกตีความด้วย
.พบว่าเปปไทด์สัญญาณอีกครั้งวิเคราะห์การกระจายของพวกเขา
บนพอลิเมอร์ตัวอย่าง การตั้งค่าภาษาท้องถิ่นที่คล้ายกันพบสำหรับโปรตีนที่เกี่ยวข้อง การกระจายเปปไทด์
โดยเฉพาะอย่างยิ่งความสัมพันธ์กับพับ pe-uhmw
ภูมิภาคพื้นที่ขรุขระและขอบคม . fig.7 แสดงการกระจายของสัญญาณที่เกี่ยวข้องกับเลือกเปปไทด์อัลบูมิน
( M / Z 1024 [ 508 ] K . ccteslvnr 500 – .R ) และฮอร์โมนเพศหญิง E ( m / z
1106 [ 97 ] k.rlavyqagar – 106 . E ) รายการของชิ้นส่วนเปปไทด์ที่เกี่ยวข้อง ( ” ) รวมถึงความอุดมสมบูรณ์สูงโปรตีน
และส่วนใหญ่ของโปรตีนอุดมสมบูรณ์ต่ำ พบในการวิเคราะห์ sdspage
.

Being translated, please wait..
 
Other languages
The translation tool support: Afrikaans, Albanian, Amharic, Arabic, Armenian, Azerbaijani, Basque, Belarusian, Bengali, Bosnian, Bulgarian, Catalan, Cebuano, Chichewa, Chinese, Chinese Traditional, Corsican, Croatian, Czech, Danish, Detect language, Dutch, English, Esperanto, Estonian, Filipino, Finnish, French, Frisian, Galician, Georgian, German, Greek, Gujarati, Haitian Creole, Hausa, Hawaiian, Hebrew, Hindi, Hmong, Hungarian, Icelandic, Igbo, Indonesian, Irish, Italian, Japanese, Javanese, Kannada, Kazakh, Khmer, Kinyarwanda, Klingon, Korean, Kurdish (Kurmanji), Kyrgyz, Lao, Latin, Latvian, Lithuanian, Luxembourgish, Macedonian, Malagasy, Malay, Malayalam, Maltese, Maori, Marathi, Mongolian, Myanmar (Burmese), Nepali, Norwegian, Odia (Oriya), Pashto, Persian, Polish, Portuguese, Punjabi, Romanian, Russian, Samoan, Scots Gaelic, Serbian, Sesotho, Shona, Sindhi, Sinhala, Slovak, Slovenian, Somali, Spanish, Sundanese, Swahili, Swedish, Tajik, Tamil, Tatar, Telugu, Thai, Turkish, Turkmen, Ukrainian, Urdu, Uyghur, Uzbek, Vietnamese, Welsh, Xhosa, Yiddish, Yoruba, Zulu, Language translation.

Copyright ©2024 I Love Translation. All reserved.

E-mail: