Nucleotide sequence polymorphisms a

Nucleotide sequence polymorphisms among R gene alleles influence the process of co-evolutionary interaction between host and pathogen by shaping the response of host plants towards invading pathogens. Here, we present the DNA sequence polymorphisms and diversities present among natural alleles of three rice bacterial blight resistance genes, Xa21, Xa26 and xa5. The diversity was examined across different wild relatives and cultivars of Oryza species. Functional significance of selected alleles was evaluated through semi-quantitative reverse transcription polymerase chain reaction and real time PCR. The greatest nucleotide diversity and singleton variable sites (SVS) were present in Xa26 (π = 0.01958; SVS = 182) followed by xa5 and Xa21 alleles. The highest frequency of single nucleotide polymorphisms were observed in Xa21 alleles and least in xa5. Transition bias was observed in all the genes and 'G' to 'A' transitions were more favored than other form of transitions. Neutrality tests failed to show the presence of selection at these loci, though negative Tajima's D values indicate the presence of a rare form of polymorphisms. At the interspecies level, O. nivara exhibited more diversity than O. sativa. We have also identified two nearly identical resistant alleles of xa5 and two sequentially identical alleles of Xa21. The alleles of xa5 showed basal levels of expression while Xa21 alleles were functionally not expressed.

Results (Vietnamese) 1:

Polymorphisms trình tự nucleotide trong số R gen alen ảnh hưởng đến quá trình co tiến hóa tương tác giữa máy chủ và gây bệnh cho cây bằng cách hình thành các phản ứng của chủ nhà máy theo hướng xâm nhập các tác nhân gây bệnh. Ở đây, chúng tôi trình bày ADN chuỗi polymorphisms và đa dạng hiện tại trong số alen tự nhiên của ba lúa giống bọ xanh vi khuẩn kháng gen, Xa21, Xa26 và xa5. Sự đa dạng được kiểm tra trên thân nhân hoang dã khác nhau và các dạng cây trồng của Oryza loài. Các ý nghĩa chức năng của alen đã chọn được đánh giá thông qua phản ứng chuỗi trùng hợp phiên mã ngược bán định lượng và thời gian thực Đảng Cộng sản Romania. Các lớn nhất nucleotide sự đa dạng và singleton biến trang web (SVS) đã được trình bày trong Xa26 (π = 0.01958; SVS = 182) tiếp theo là xa5 và Xa21 allele. Tần số cao nhất của đơn nucleotide polymorphisms được quan sát trong Xa21 alen và ít nhất là trong xa5. Chuyển tiếp thiên vị được quan sát thấy trong tất cả các gen và 'G' để 'Một' quá trình chuyển đổi đã được ưa chuộng hơn so với các hình thức khác của quá trình chuyển đổi. Trung lập thử nghiệm thất bại trong việc hiển thị sự hiện diện của các lựa chọn lúc các loci, mặc dù tiêu cực của Tajima D giá trị chỉ ra sự hiện diện của một dạng hiếm của polymorphisms. Ở cấp độ interspecies, O. nivara trưng bày các đa dạng hơn so với O. sativa. Chúng tôi cũng đã xác định hai allele kháng tương tự của xa5 và hai allele tuần tự giống hệt nhau của Xa21. Allele xa5 cho thấy cơ sở mức biểu hiện trong khi Xa21 alen chức năng không được thể hiện.

Results (Vietnamese) 2:

Đa hình trình tự nucleotide giữa R alen gen ảnh hưởng đến quá trình đồng tiến hóa tương tác giữa máy chủ và tác nhân gây bệnh bằng cách hình thành các phản ứng của cây chủ đối với tác nhân gây bệnh xâm nhập. Ở đây, chúng tôi trình bày đa hình trình tự DNA và đa dạng hiện diện giữa alen tự nhiên của các gen kháng bệnh bạc lá vi khuẩn ba gạo, XA21, Xa26 và xa5. Sự đa dạng đã được kiểm tra qua họ hàng hoang dã của các loài và giống cây trồng Oryza khác nhau. Nghĩa chức năng của các alen chọn được đánh giá thông qua phiên mã ngược phản ứng chuỗi polymerase bán định lượng và thời gian thực PCR. Sự đa dạng lớn nhất nucleotide và các trang web biến singleton (SVS) đã có mặt tại Xa26 (π = 0,01958; SVS = 182) tiếp theo xa5 và XA21 alen. Tần số cao nhất của đa hình đơn nucleotide đã được quan sát trong XA21 alen và nhất là trong xa5. Thiên vị quá trình chuyển đổi đã được quan sát thấy trong tất cả các gen và 'G' để chuyển tiếp 'A' có nhiều ưa chuộng hơn so với các hình thức khác của quá trình chuyển đổi. Kiểm tra tính trung lập không cho thấy sự hiện diện của các lựa chọn tại các loci, mặc dù giá trị D âm Tajima của chỉ ra sự hiện diện của một dạng hiếm của tính đa hình. Ở cấp độ giữa các loài, O. nivara trưng bày đa dạng hơn O. sativa. Chúng tôi cũng đã xác định được hai alen kháng gần như giống hệt nhau của xa5 và hai alen tuần tự giống hệt nhau của XA21. Các alen của xa5 cho thấy mức đáy của biểu thức trong khi XA21 alen được chức năng không được thể hiện.