To define the relationship between

To define the relationship between H63T and other Legionella species further, a 584 bp portion of the mip gene and a 327 bp portion of the rnpB gene of H63T were sequenced as described previously . The European Working Group for Legionella Infections (EWGLI) Legionella mip gene sequence database was used to determine the similarity based on mip, and NCBI BLAST was used to determine similarity based on rnpB . Similar to the 16S rRNA gene sequence analysis, the mip gene sequence of strain H63T was most similar to that of L. brunensis ATCC 43878T (85.49%), followed by Legionella hackeliae ATCC 35250T (85.11 %), L. jamestowniensis ATCC 35298T (85.11 %), L. feeleii ATCC 35072T (83.95%) and L. lansingensis ATCC 49751T (83.56 %). Based on analysis of rnpB sequences, strain H63T was again most similar to the type strain of L. brunensis (91.2%), followed by the type strains of L. lansingensis (89.4 %), L. jamestowniensis (89.7 %), L. hackeliae (88.3 %) and L. feeleii (88.3 %). For phylogenetic analyses, the 16S rRNA, mip and rnpB sequences of type strains of Legionella species and the nearest other relative within the Legionellaceae, Coxiella burnetii, were obtained from GenBank (Benson et al., 2008). Trimmed sequences were aligned using the CLUSTAL W program .Phylogenetic trees were inferred by the neighbour-joining method using TOPALI version 2 and edited using TreeView version 1.6.6 . Phylogenetic analysis based on the consensus alignment of 16S rRNA, mip and rnpB gene sequences indicated that strain H63 is most closely related to L. brunensis, followed by the group of L.hackeliae and L. jamestowniensis (Fig. 1). The strength of the association was confirmed by bootstrap values ¢80 based on 100 replicates. For completeness, DNA–DNA hybridizations were performed comparing H63T with both L. hackeliae ATCC 35250T and L. jamestowniensis ATCC 35298T, because they were closely related according to the consensus tree. According to hybridization analysis, L. hackeliae ATCC TTT
35250 was 8.0 % (±0.9) related to H63 when H63 DNA served as the probe and 31.7 % (±0.4) similar when H63T represented the covalent DNA. L. jamestowniensis ATCC 35298T was 10.1 % (±1.2) similar to H63T when H63T DNA was the probe and 7.7 % (±3.3) similar when H63T DNA was the covalent DNA. The topologies of the individual gene trees support the consensus assignment of H63T and L. brunensis as sister taxa .

Results (Thai) 1:

เพื่อกำหนดความสัมพันธ์ระหว่าง H63T Legionella ชนิดอื่นเพิ่มเติม ส่วน bp 584 ของ mip ใน ยีนและส่วน bp 327 ของยีน rnpB ของ H63T ถูกเรียงลำดับตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ กลุ่มทำงานที่ยุโรปสำหรับฐานข้อมูลลำดับยีน mip Legionella เชื้อ Legionella (EWGLI) ถูกใช้เพื่อกำหนดเฉพาะตาม mip และระเบิด NCBI ถูกใช้เพื่อกำหนดความคล้ายคลึงกันตาม rnpB เช่นเดียวกับยีน 16S rRNA ลำดับการวิเคราะห์ ลำดับยีน mip ของต้องใช้ H63T สุดของ L. brunensis ATCC 43878T (85.49%), ตาม ด้วย hackeliae Legionella ATCC 35250T (85.11%), L. jamestowniensis ATCC 35298T (85.11%), L. feeleii ATCC 35072T (83.95%) และ L. lansingensis ATCC 49751T (83.56%) ใช้ในการวิเคราะห์ลำดับ rnpB ต้องใช้ H63T ได้อีกที่สุดคล้ายกับชนิดสายพันธุ์ของ brunensis L. (91.2%), ตาม ด้วยสายพันธุ์ชนิด L. lansingensis (89.4%), L. jamestowniensis (89.7%), L. hackeliae (88.3%) และ L. feeleii (88.3%) วิเคราะห์ phylogenetic, 16S rRNA, mip และ rnpB ลำดับของสายพันธุ์ชนิดพันธุ์ Legionella และการ อื่น ๆ ญาติภายใน Legionellaceae, Coxiella burnetii ได้รับจาก GenBank (Benson et al., 2008) ลำดับถูกตัดออกถูกจัดโดยใช้โปรแกรม CLUSTAL W ต้นไม้ phylogenetic ถูกสรุป โดยวิธีการรวมเพื่อนบ้านใช้ TOPALI เวอร์ชัน 2 และแก้ไขใช้ TreeView รุ่น 1.6.6 วิเคราะห์ phylogenetic ตามตำแหน่งมติของ 16S rRNA, mip และลำดับยีน rnpB ระบุว่า ต้องใช้ H63 เคียงเกี่ยวข้องกับ L. brunensis ตามกลุ่มของ L.hackeliae และ L. jamestowniensis (Fig. 1) ความแข็งแรงของสมาคมที่ได้รับการยืนยัน โดยค่าเริ่มต้นระบบเลข 80 ตามเหมือนกับ 100 สำหรับความสมบูรณ์ hybridizations ดีเอ็นเอดีเอ็นเอได้ดำเนินการเปรียบเทียบ H63T กับ hackeliae L. ATCC 35250T และ L. jamestowniensis ATCC 35298T เนื่องจากพวกเขาอย่างใกล้ชิดเกี่ยวข้องตามมติแผนภูมิ ตามการ hybridization วิเคราะห์ L. hackeliae ATCC ที35250 เป็น 8.0% (±0.9) ที่เกี่ยวข้องกับ H63 เมื่อเสิร์ฟ H63 ดีเอ็นเอโพรบและ 31.7% (±0.4) คล้ายเมื่อ H63T แสดง covalent DNA L. jamestowniensis ATCC 35298T ได้ 10.1% (±1.2) คล้ายกับ H63T เมื่อ H63T ดีเอ็นเอ โพรบและ 7.7% (±3.3) คล้ายเมื่อ H63T ดีเอ็นเอ covalent DNA โทของแต่ละยีนสนับสนุนการกำหนดมติของ H63T และ L. brunensis เป็นน้องสาว taxa

Results (Thai) 2:

ในการกำหนดความสัมพันธ์ระหว่าง H63T และพันธุ์ Legionella อื่น ๆ ต่อไปส่วน 584 bp ของยีน MIP และส่วน 327 bp ของยีน rnpB ของ H63T มีลำดับขั้นตอนตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ คณะทำงานยุโรปสำหรับการติดเชื้อ Legionella (EWGLI) ฐานข้อมูลลำดับ Legionella MIP ยีนถูกใช้ในการตรวจสอบความคล้ายคลึงกันขึ้นอยู่กับ MIP และ NCBI ระเบิดถูกใช้ในการตรวจสอบความคล้ายคลึงกันขึ้นอยู่กับ rnpB คล้ายกับ 16S rRNA ยีนวิเคราะห์ลำดับลำดับยีน MIP ความเครียด H63T เป็นส่วนใหญ่คล้ายกับที่ของแอล brunensis ATCC 43878T (85.49%) ตามด้วย Legionella hackeliae ATCC 35250T (85.11%) แอล jamestowniensis ATCC 35298T (85.11 %) แอล feeleii ATCC 35072T (83.95%) และแอล lansingensis ATCC 49751T (83.56%) จากการวิเคราะห์ของลำดับ rnpB, H63T ความเครียดเป็นอีกครั้งส่วนใหญ่คล้ายกับสายพันธุ์ชนิดของ brunensis ลิตร (91.2%) รองลงมาคือสายพันธุ์ชนิดของ lansingensis ลิตร (89.4%) jamestowniensis ลิตร (89.7%) ลิตร hackeliae (88.3%) และแอล feeleii (88.3%) สำหรับการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการของ 16S rRNA, MIP และ rnpB ลำดับของสายพันธุ์ชนิดของสายพันธุ์ของเชื้อ Legionella และอื่น ๆ ที่ใกล้เคียงที่สุดญาติภายในล legionellaceae ที่ Coxiella burnetii, ที่ได้รับจาก GenBank (เบนสัน et al., 2008) ลำดับตัดถูกจัดชิดโดยใช้โปรแกรม Clustal W ต้นไม้ .Phylogenetic ถูกอ้างถึงโดยวิธีเพื่อนบ้านเข้าใช้รุ่น TOPALI ที่ 2 และแก้ไขโดยใช้รุ่น TreeView 1.6.6 การวิเคราะห์วิวัฒนาการขึ้นอยู่กับการจัดตำแหน่งฉันทามติของ 16S rRNA, MIP และ rnpB ลำดับยีนชี้ให้เห็นว่า H63 สายพันธุ์ส่วนใหญ่เป็นเรื่องที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับ brunensis ลิตรตามด้วยกลุ่มของ L.hackeliae ลิตรและ jamestowniensis (รูปที่ 1). ความแข็งแรงของสมาคมที่ได้รับการยืนยันจากค่าบูต¢ 80 ขึ้นอยู่กับ 100 ซ้ำ เพื่อความสมบูรณ์ hybridizations ดีเอ็นเอดีเอ็นเอได้ดำเนินการเปรียบเทียบ H63T กับทั้งแอล hackeliae ATCC 35250T ลิตรและ jamestowniensis ATCC 35298T เพราะพวกเขามีความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดกับต้นไม้ตามมติ ตามการวิเคราะห์การผสมพันธุ์ลิตร hackeliae TTT ATCC
35250 เป็น 8.0% (± 0.9) ที่เกี่ยวข้องกับ H63 H63 เมื่อดีเอ็นเอทำหน้าที่เป็นผู้สอบสวนและ 31.7% (± 0.4) ที่คล้ายกันเมื่อ H63T เป็นตัวแทนของดีเอ็นเอโควาเลนต์ ลิตร jamestowniensis ATCC 35298T เป็น 10.1% (± 1.2) คล้ายกับ H63T เมื่อดีเอ็นเอ H63T เป็นหัววัดและ 7.7% (± 3.3) ที่คล้ายกันเมื่อ H63T ดีเอ็นเอเป็นดีเอ็นเอโควาเลนต์ โครงสร้างของต้นยีนของแต่ละบุคคลที่ได้รับมอบหมายสนับสนุนมติของ H63T ลิตรและ brunensis เป็นน้องสาวของแท็กซ่า

Results (Thai) 3:

การกำหนดความสัมพันธ์ระหว่างชนิดและ h63t Legionella อื่นเพิ่มเติม แต่ BP ส่วนของ MIP ยีนและ 327 BP ส่วนของ rnpb ยีนของ h63t เป็นลำดับตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ ยุโรปกลุ่มเชื้อลีจิโอเนลลา ( ewgli ) Legionella 2 ยีน ลำดับฐานข้อมูลถูกใช้เพื่อตรวจสอบความคล้ายคลึงกันจาก 2 ,และระเบิด ncbi ศึกษาความเหมือนตาม rnpb . คล้ายกับลำดับเบส 16S rRNA ยีน 2 ยีนโดยลำดับของสายพันธุ์ h63t ใกล้เคียงที่สุดที่ฉัน brunensis ATCC 43878t ( 85.49 % ) รองลงมา ได้แก่ เชื้อ Legionella hackeliae 35250t ( เท่ากับ 85.11 % ) L jamestowniensis ATCC 35298t ( เท่ากับ 85.11 % ) L feeleii ATCC 35072t ( 83.95 % ) และ lansingensis ATCC 49751t L ( 83.56 % )ตามการวิเคราะห์ของ rnpb ดับความเครียด h63t อีกครั้งที่คล้ายกันมากที่สุดชนิดสายพันธุ์ของ L . brunensis ( 91.2 % ) รองลงมาคือ ชนิดสายพันธุ์ของ lansingensis ( 89.4 % L ) L jamestowniensis ( 89.7% ) L hackeliae ( 88.3 % ) และ feeleii ( 88.3 % ) โดยเบส 16S rRNA phylogenetic , ,2 rnpb ลำดับของสายพันธุ์และชนิดของ Legionella สปีชีส์ และญาติที่ใกล้ที่สุดภายในลิจิโอเนลลาซี coxiella , burnetii กลุ่มตัวอย่างจากขนาด ( เบนสัน et al . , 2008 ) ลำดับการตัดชิด clustal W โปรแกรม ต้นไม้ ซึ่งได้สรุปโดยเพื่อนบ้านร่วมโดยใช้ topali รุ่น 2 และแก้ไขโดยใช้เพลงรุ่น 1.6.6 .การวิเคราะห์ ซึ่งตามมติของ 16S rRNA 2 ตำแหน่ง , rnpb ยีนและลำดับ พบว่า สายพันธุ์ h63 อย่างใกล้ชิดมากที่สุดที่เกี่ยวข้องกับ L brunensis ตามด้วยกลุ่มของ l.hackeliae และ jamestowniensis ( รูปที่ 1 ) ความแข็งแกร่งของสมาคมได้รับการยืนยันโดยค่า¢ 80 จาก 100 แบบบู . ให้ครบถ้วนดีเอ็นเอ ( DNA ) มีการเปรียบเทียบ hybridizations h63t ทั้ง L และ L . ~ i ATCC 35250t hackeliae jamestowniensis 35298t เพราะพวกเขามีความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดตามต้นไม้ฉันทามติ ตามการวิเคราะห์ ( L . hackeliae ATCC TTT
35250 คือ 8.0 % ( ± 0.9 ) ที่เกี่ยวข้องกับ h63 เมื่อ h63 ดีเอ็นเอทำหน้าที่เป็น probe และประสบการณ์ ( ± 0.4 ) คล้ายคลึงกันเมื่อ h63t แสดงดีเอ็นเอการ . Ljamestowniensis ATCC 35298t เป็นร้อยละ 10.1 ( ± 1.2 ) คล้ายกับ h63t เมื่อ h63t ดีเอ็นเอเป็น probe และ 7.7% ( ± 3.3 ) คล้ายคลึงกันเมื่อ h63t ดีเอ็นเอดีเอ็นเอการ . ในรูปแบบของต้นไม้ยีนแต่ละสนับสนุนมติการมอบหมายของ h63t และ brunensis เป็นน้องสาวและ .