dynamic range is becoming the metho

dynamic range is becoming the method of choice (Van-Guilder et al. 2008; Bustin 2002; Heid et al. 1996). The accuracy of the qRT-PCR is influenced by variations
caused in various steps of the experimental procedur (Bustin and Nolan 2004). To avoid these variations, normalization of the qRT-PCR data is essential. The most common way of normalization is the employment of internal reference genes, which ideally not only present in all biology samples but also express at stable level Huggett et al. 2005). The results of gene expression analysis are highly dependent on the choice of reference
genes. If the expression level of the reference gene altered excessively, the transcript difference detected will be
suspect. The common choices of reference genes are housekeeping genes which are required for basic cellular processes, such as the construction and maintenance of cytoskeleton and primary metabolism. The expressions of these genes are expected to undergo little variation under diverse conditions. Actin, tubulin, ubiquitin, and glyceraldehyde- 3-phosphate dehydrogenase are widely used reference genes in many plant species (Gonc¸alves et al. 2005; Jain et al. 2006; Nicot et al. 2005; Wan et al. 2010).
However, the expression levels of these genes can be changed across different samples or by external factors. Moreover, a commonly used reference gene in an organism may not be appropriate in other organisms or under different conditions. Thus, it will be necessary to evaluate the possibility of the housekeeping genes to serve as potential internal reference genes. However, no report is available concerning reference gene selection of stress-related agarwood formation or the major component accumulation in
the Aquilaria species. This seriously limits the molecular study in this area. For recent years, several algorithms have been developed to evaluate the performances of a given set of candidate genes. These algorithms were designed based on different strategies and measure the expression stability of candidate reference genes through distinct values. GeNorm, the first reported software, is based on pair-wise comparison and calculates the M value of all candidate genes (Vandesompele et al. 2002). NormFinder is a model-based program designed to calculate stability value according to the intra- and inter-group variation(Andersen et al. 2004). BestKeeper determines the‘‘optimal’’ housekeeping genes using pair-wise correlation analysis of all pairs of candidate genes, as well as the target gene (Pfaffl et al. 2004).
In this study, the expression variation of nine housekeeping genes were measured in A. sinensis samples exposed to different stresses or treatments, to evaluate their suitability as internal controls in gene expression studies related to agarwood formation.

Results (Indonesian) 1:

rentang dinamis menjadi metode pilihan (Van-gulden et al. 2008; Bustin 2002; Heid et al, 1996). Keakuratan qRT-PCR dipengaruhi oleh variasimenyebabkan berbagai tahap eksperimental procedur (Bustin dan Nolan 2004). Untuk menghindari variasi ini, normalisasi qRT-PCR data sangat penting. Cara yang paling umum dari normalisasi adalah kerja dengan referensi internal gen, yang ideal tidak hanya hadir di semua sampel biologi tetapi juga mengungkapkan di stabil tingkat Huggett et al. 2005). Hasil analisis ekspresi gen sangat tergantung pada pilihan acuanGen. Jika tingkat ekspresi gen referensi berubah berlebihan, perbedaan transkrip terdeteksi akantersangka. Pilihan umum referensi gen yang rumah tangga gen yang diperlukan untuk proses selular dasar, seperti pembangunan dan pemeliharaan Sitoskeleton dan metabolisme utama. Ekspresi gen ini diharapkan untuk menjalani variasi kecil di bawah kondisi yang beragam. Aktivitas, tubulin, ubiquitin, dan glyceraldehyde-3-fosfat dehidrogenase adalah gen referensi yang digunakan dalam banyak spesies tanaman (Gonc¸alves et al. 2005; Jain et al. 2006; Nicot et al. 2005; Wan et al. 2010).Namun, tingkat ekspresi gen ini dapat berubah di berbeda sampel atau oleh faktor eksternal. Selain itu, gen referensi umum digunakan dalam organisme tidak mungkin tepat di organisme lain atau di bawah kondisi yang berbeda. Dengan demikian, akan diperlukan untuk mengevaluasi kemungkinan gen rumah tangga untuk melayani sebagai potensi referensi internal gen. Namun, tidak ada laporan yang tersedia mengenai referensi gen pilihan pembentukan gaharu stres yang berhubungan dengan atau akumulasi komponen utama dijenis Aquilaria. Ini serius membatasi studi molekuler di daerah ini. Untuk beberapa tahun terakhir, beberapa algoritma telah dikembangkan untuk mengevaluasi pertunjukan dari serangkaian diberikan calon gen. Algoritma ini dirancang berdasarkan pada strategi yang berbeda dan mengukur stabilitas ekspresi gen referensi calon melalui nilai-nilai yang berbeda. GeNorm, perangkat lunak melaporkan pertama, didasarkan pada pair-wise perbandingan dan menghitung nilai M semua calon gen (Vandesompele et al. 2002). NormFinder adalah sebuah program berbasis model yang dirancang untuk menghitung nilai stabilitas menurut group intra dan antar variasi (Andersen et al. 2004). BestKeeper menentukan tata graha '' optimal'' gen menggunakan analisis pair-wise korelasi semua pasangan calon gen, serta gen target (Pfaffl et al. 2004).Dalam studi ini, variasi ekspresi gen tata graha sembilan diukur dalam sampel A. sinensis terkena tekanan yang berbeda atau perawatan, untuk mengevaluasi kesesuaian mereka sebagai kontrol internal dalam studi ekspresi gen terkait dengan pembentukan gaharu.

Results (Indonesian) 2:

dynamic range menjadi metode pilihan (Van-gulden et al 2008;. Bustin 2002; Heid et al 1996.). Keakuratan QRT-PCR dipengaruhi oleh variasi
yang disebabkan dalam berbagai langkah dari prosedur tetap eksperimental (Bustin dan Nolan 2004). Untuk menghindari variasi ini, normalisasi data QRT-PCR adalah penting. Cara yang paling umum dari normalisasi adalah kerja gen referensi internal, yang idealnya tidak hanya hadir di semua sampel biologi tetapi juga mengungkapkan pada tingkat yang stabil Huggett et al. 2005). Hasil analisis ekspresi gen sangat tergantung pada pilihan referensi
gen. Jika tingkat ekspresi gen referensi diubah berlebihan, perbedaan transkrip terdeteksi akan
tersangka. Pilihan umum gen referensi gen housekeeping yang dibutuhkan untuk proses seluler dasar, seperti pembangunan dan pemeliharaan sitoskeleton dan metabolisme primer. Ekspresi gen ini diharapkan untuk menjalani sedikit variasi dalam kondisi yang beragam. Aktin, tubulin, ubiquitin, dan glyceraldehyde- dehidrogenase 3-fosfat yang banyak digunakan gen referensi dalam banyak jenis tanaman (Goncalves et al 2005;. Jain et al 2006;. Nicot et al 2005;. Wan et al 2010.).
Namun, tingkat ekspresi gen ini dapat diubah di sampel yang berbeda atau oleh faktor eksternal. Selain itu, gen referensi umum digunakan dalam suatu organisme mungkin tidak tepat dalam organisme lain atau di bawah kondisi yang berbeda. Dengan demikian, maka akan diperlukan untuk mengevaluasi kemungkinan gen housekeeping untuk melayani sebagai potensi gen referensi internal. Namun, tidak ada laporan yang tersedia tentang pilihan gen referensi pembentukan gaharu yang terkait dengan stres atau akumulasi komponen utama dalam
spesies Aquilaria. Ini serius membatasi studi molekuler di daerah ini. Selama bertahun-tahun terakhir, beberapa algoritma telah dikembangkan untuk mengevaluasi kinerja dari himpunan kandidat gen. Algoritma ini dirancang berdasarkan strategi yang berbeda dan mengukur stabilitas ekspresi gen referensi calon melalui nilai-nilai yang berbeda. GeNorm, perangkat lunak dilaporkan pertama, didasarkan pada perbandingan berpasangan dan menghitung nilai M dari semua kandidat gen (Vandesompele et al. 2002). NormFinder adalah program model berbasis dirancang untuk menghitung nilai stabilitas sesuai dengan intra dan antar kelompok variasi (Andersen et al. 2004). BestKeeper menentukan the''optimal '' gen housekeeping menggunakan analisis korelasi berpasangan dari semua pasangan kandidat gen, serta gen sasaran (Pfaffl et al. 2004).
Dalam penelitian ini, variasi ekspresi sembilan gen rumah tangga diukur di A. sampel sinensis terkena tekanan atau perlakuan yang berbeda, untuk mengevaluasi kesesuaian mereka sebagai pengendalian internal dalam studi ekspresi gen yang terkait dengan pembentukan gaharu.