To establish the placement of the n

To establish the placement of the novel strain in the genus Legionella, the almost-complete 16S rRNA gene (1423 bp) was amplified from purified genomic DNA of H63T and sequenced using primers 8F (59-AGAGTTTGATCCTG- GCTCAG-39), 806R (59-GGACTACCAGGGTATCTAAT- 39), 515F (59-TGCCAGCAGCCGCGGTAA-39) and rP1 (59-GGTTACCTTGTTACGACTT-39) . The EzTaxon service was used to determine the nearest neighbours in the genus Legionella on the basis of 16S rRNA gene sequence similarity as recommended for the calculation of pairwise percentage similarity values . H63T shared highest similarity with the type strains of L. brunensis (98.80 %), followed by Legionella londiniensis (97.03%), L. jordanis (96.76%), L. erythra (96.20%), L. dresdenensis (95.99%), L. rubrilucens (95.73%), L. feeleii (95.72 %), L. pneumophila (95.71 %) and L. birminghamensis (95.71 %) (Table 1). To determine whether H63T represents a novel Legionella species, DNA–DNA hybridization was performed at 30 uC using the microplate technique with photobiotin-labelled DNA as described previously and modified , with the exception that the DNA was sheared prior to biotin labelling as opposed to after. Strain H63T was only 17 and 20 % related to its nearest neighbour, L. brunensis ATCC 43878T, in reciprocal relationships, well below the 70 % cut- off for species delineation (Table 1). Furthermore, H63T exhibited less than 20% relatedness to all eight of the remaining type strains tested (Table 1). The difference between reciprocal hybridizations was within 20 % and the standard deviation among replicates was ¡7%, both of which are acceptable deviations for the microplate technique

Results (Thai) 1:

การสร้างตำแหน่งของสายพันธุ์นวนิยายในสกุล Legionella ถูกขยายจากบริสุทธิ์ genomic DNA ของ H63T เกือบสมบูรณ์ 16S rRNA ยีน (1423 bp) และเรียงลำดับโดยใช้ไพรเมอร์ 8F (59-AGAGTTTGATCCTG-GCTCAG-39), 806R (59-GGACTACCAGGGTATCTAAT-39), 515F (59-TGCCAGCAGCCGCGGTAA-39) และ rP1 (59-GGTTACCTTGTTACGACTT-39) บริการ EzTaxon ถูกใช้เพื่อกำหนดว่าประเทศเพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุดในสกุล Legionella ตาม 16S rRNA ยีนลำดับมิใช่น้อยที่แนะนำสำหรับการคำนวณค่าความคล้ายแพร์ไวส์เปอร์เซ็นต์ H63T ร่วมกันสูงสุดความคล้ายกับสายพันธุ์ชนิดของ L. brunensis (98.80%), ตาม ด้วย londiniensis Legionella (97.03%), L. jordanis (96.76%), L. erythra (ร้อยละ 96.20), L. dresdenensis (95.99%), L. rubrilucens (95.73%), L. feeleii (95.72%), L. pneumophila (95.71%) และ L. birminghamensis (95.71%) (ตาราง 1) เพื่อตรวจสอบว่า H63T หมายถึงนวนิยาย Legionella พันธุ์ DNA – DNA hybridization ทำที่ 30 uC ด้วยเทคนิค microplate DNA photobiotin มันเป็นอธิบายไว้ก่อนหน้านี้ และปรับ เปลี่ยน ยกเว้นว่า ดีเอ็นเอที่ถูกตัดก่อนไบโอตินฉลากซึ่งตรงกันข้ามการหลัง H63T ต้องใช้มีเพียง 17 และ 20% ที่เกี่ยวข้องกับสุด neighbour, L. brunensis ATCC 43878T ในความสัมพันธ์ซึ่งกันและกัน ดีด้านล่างตัด 70% - ปิดสำหรับ delineation ชนิด (ตารางที่ 1) นอกจากนี้ H63T จัดแสดงน้อยกว่า 20% relatedness ไปแปดทั้งหมดของสายพันธุ์ชนิดที่เหลือทดสอบ (ตารางที่ 1) ความแตกต่างระหว่าง hybridizations ซึ่งกันและกันได้ภายใน 20% และส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐานในการคัดลอกตัวเองเป็น ¡7% ซึ่งทั้งสองมีความแตกต่างยอมรับเทคนิค microplate

Results (Thai) 2:

เพื่อสร้างตำแหน่งของสายพันธุ์ในประเภทนวนิยาย Legionella ที่เกือบจะสมบูรณ์ยีน 16S rRNA (1423 bp) ถูกขยายจากดีเอ็นเอบริสุทธิ์จีโนมของ H63T และลำดับขั้นตอนการใช้ 8F ไพรเมอร์ (59 AGAGTTTGATCCTG- GCTCAG-39) 806R (59 -GGACTACCAGGGTATCTAAT- 39) 515F (59 TGCCAGCAGCCGCGGTAA-39) และ RP1 (59 GGTTACCTTGTTACGACTT-39) บริการ EzTaxon ถูกใช้ในการกำหนดเพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุดในประเภท Legionella บนพื้นฐานของ 16S rRNA คล้ายคลึงกันลำดับยีนตามคำแนะนำในการคำนวณค่าร้อยละคล้ายคลึงกันจากจำนวน H63T ที่ใช้ร่วมกันสูงสุดคล้ายคลึงกันกับสายพันธุ์ชนิดของ brunensis ลิตร (98.80%) ตามด้วย Legionella londiniensis (97.03%) แอล jordanis (96.76%) แอล erythra (96.20%) แอล dresdenensis (95.99%) rubrilucens ลิตร (95.73%) แอล feeleii (95.72%) แอล pneumophila (95.71%) และแอล birminghamensis (95.71%) (ตารางที่ 1) เพื่อตรวจสอบว่า H63T แสดงให้เห็นถึงสายพันธุ์เชื้อ Legionella นวนิยายพันธุ์ดีเอ็นเอดีเอ็นเอได้ดำเนินการวันที่ 30 UC โดยใช้เทคนิคไมโครกับดีเอ็นเอ photobiotin ติดฉลากตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้และการแก้ไขมีข้อยกเว้นว่าดีเอ็นเอที่ถูกตัดก่อนที่จะมีการติดฉลากไบโอตินเมื่อเทียบกับหลัง . H63T สายพันธุ์เป็นเพียง 17 และ 20% ที่เกี่ยวข้องกับเพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุดของแอล brunensis ATCC 43878T ในความสัมพันธ์ซึ่งกันและกันต่ำกว่า cut- 70% สำหรับการวาดภาพชนิด (ตารางที่ 1) นอกจากนี้ H63T แสดงน้อยกว่า 20% สัมพันธ์กับทุกแปดของสายพันธุ์ชนิดที่เหลือการทดสอบ (ตารางที่ 1) ความแตกต่างระหว่าง hybridizations ซึ่งกันและกันอยู่ใน 20% และค่าเบี่ยงเบนมาตรฐานในหมู่¡ซ้ำเป็น 7% ซึ่งทั้งสองมีความเบี่ยงเบนที่ยอมรับได้สำหรับเทคนิคไมโคร

Results (Thai) 3:

เพื่อสร้างตำแหน่งของสายพันธุ์ใหม่ในจีนัส Legionella เกือบสมบูรณ์เบส 16S rRNA ยีน ( ดู BP ) คือการขยายจากแถบดีเอ็นเอและใช้ไพรเมอร์ h63t ลำดับ 8f ( 59-agagtttgatcctg - gctcag-39 ) 806r ( 59-ggactaccagggtatctaat - 39 ) 515f ( 59-tgccagcagccgcggtaa-39 ) และ rp1 ( 59-ggttaccttgttacgactt-39 )การ eztaxon บริการศึกษาเพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุดในตระกูลนี้ Legionella บนพื้นฐานของเบส 16S rRNA ลำดับยีนที่คล้ายคลึง เช่น แนะนำสำหรับการคำนวณเปอร์เซ็นต์ความเหมือนของคู่ค่า h63t แบ่งปันความคล้ายคลึงสูงสุดกับชนิดสายพันธุ์ของ L . brunensis ( 98.80 % ) รองลงมาคือ ลีจิโอเนลลา londiniensis ( 97.03 % ) , L ( jordanis 96.76 % ) L erythra ( 96.20 เปอร์เซ็นต์ ) Ldresdenensis ( 95.99 % ) L rubrilucens ( 95.73 % ) , L ( feeleii ( % ) , L ( pneumophila 95.71 % ) และ birminghamensis ( 95.71 % ) ( ตารางที่ 1 ) เพื่อตรวจสอบว่าเป็นสายพันธุ์ใหม่ h63t Legionella , ดีเอ็นเอดีเอ็นเอ hybridization ซึ่งดำเนินการโดย 30 UC ใช้เทคนิคดีเอ็นเอโดยพื้นที่ภาคเหนือของประเทศไทยที่มีข้อความตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้และการเปลี่ยนแปลง ,มีข้อยกเว้นว่า ดีเอ็นเอ ฉีก ก่อนผงะ กล่าวคือ เป็นนอกคอกที่หลัง สายพันธุ์ h63t อายุแค่ 17 และ 20 % ที่เกี่ยวข้องกับเพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุด ผม brunensis ATCC 43878t ในความสัมพันธ์ซึ่งกันและกัน คือต่ำกว่า 70% สำหรับการตัดชนิด ( ตารางที่ 1 ) นอกจากนี้ h63t จัดแสดงน้อยกว่า 20% สัมพันธ์ทั้งหมดแปดที่เหลือชนิดสายพันธุ์ทดสอบ ( ตารางที่ 1 )ความแตกต่างระหว่างซึ่งกันและกัน hybridizations ภายใน 20 % และส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐานของซ้ำก็¡ 7% ซึ่งทั้งสองจะเบี่ยงเบนที่ยอมรับได้สำหรับเทคนิคพื้นที่ภาคเหนือของประเทศไทย