Restriction fragment length polymor

Restriction fragment length polymorphism of mitochondrial DNA (mtDNA-RFLP)

The S. cerevisiae strains described in Table 1 were subjected to mtDNA restriction analysis (24). First, 20 μg of the total DNA was digested overnight at 37°C with 40 units of HinfI restriction endonuclease (Thermo Scientific, USA) in a final volume of 50 μl. Digested DNA fragments were separated on 1.2% agarose gel in 1X TBE buffer (Tris, Borate and EDTA), stained with ethidium bromide and visualized under a UV light. The correlation of similarities among banding profiles was analyzed using Unweighted Paired Group Average (UPGMA) cluster analysis based on the Dice coefficient, using PyElph software version 1.4.

Species-specific PCR amplification

Species-specific PCR amplifications were performed as described by Pereira et al. (25). Briefly, two different sets of PCR primers were used to amplify the HO region from the genomic DNA samples of the laboratory strains and natural isolates listed in Table 1. One set of PCR primers, (ScHO-F and ScHO-R) generated a single amplicon of 400 bp when S. cerevisiae genomic DNA was used as template. The same primer set generated a 300 bp PCR amplicon with Saccharomyces pastorianus genomic DNA. However, a second set of PCR primers (LgHO-F/LgHO-R) generated a 700 bp PCR amplicon with Saccharomyces bayanus genomic DNA. These primers did not generate any PCR amplicons with non-Saccharomyces yeast genomic DNA.

Results (Thai) 1:

ความแตกต่างความยาวส่วนข้อจำกัดของจื่อ (mtDNA RFLP)S. cerevisiae สายพันธุ์อธิบายไว้ในตารางที่ 1 ถูกต้องวิเคราะห์ข้อจำกัดของ mtDNA (24) ครั้งแรก 20 μของดีเอ็นเอถูกย่อยค้างคืนที่ 37° C ด้วย endonuclease จำกัด HinfI (เทอร์โมวิทยาศาสตร์ สหรัฐอเมริกา) จำนวน 40 ห้องมีปริมาตรสุดท้ายของ 50 μl ชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ย่อยแยกจากกันบนเจ 1.2% agarose ใน 1 X TBE บัฟเฟอร์ (ทริสเรทติ้ง Borate และ EDTA), ย้อม ด้วยโบรไมด์ ethidium ดู และภายใต้แสงยูวี ความสัมพันธ์ของความคล้ายคลึงระหว่างแถบโปรไฟล์ถูกวิเคราะห์โดยใช้การวิเคราะห์คลัสเตอร์ Unweighted จับคู่กลุ่มเฉลี่ย (UPGMA) อิงค่าสัมประสิทธิ์เต๋า ใช้ PyElph ซอฟต์แวร์เวอร์ชัน 1.4สายกระบือสาย amplifications PCR ถูกดำเนินการตามที่อธิบายไว้โดยขาด et al. (25) สั้น ๆ แตกต่างกันสองชุดของไพรเมอร์ PCR ใช้ขยายภูมิภาคโฮเอ็นออกของห้องปฏิบัติการสายพันธุ์และธรรมชาติแยกแสดงไว้ในตารางที่ 1 หนึ่งชุดของไพรเมอร์ PCR, (ScHO-F และ ScHO R) สร้างขึ้นใน amplicon เดียว 400 bp เมื่อ S. cerevisiae ออก DNA ถูกใช้เป็นแม่แบบ ชุดรองพื้นเดียวกันสร้างเป็น 300 bp PCR amplicon Saccharomyces pastorianus ดีเอ็นเอออก อย่างไรก็ตาม สองชุดของไพรเมอร์ PCR (LgHO-F/LgHO-R) สร้างขึ้นเป็น 700 bp PCR amplicon Saccharomyces bayanus ออกดีเอ็นเอ ไพรเมอร์เหล่านี้ไม่ได้สร้างการ PCR amplicons ด้วยไม่ใช่ Saccharomyces ยีสต์ออกดีเอ็นเอ

Results (Thai) 2:

ข้อ จำกัด ชิ้นส่วนความยาวแตกต่างของยลดีเอ็นเอ (mtDNA-RFLP)

สายพันธุ์ S. cerevisiae อธิบายไว้ในตารางที่ 1 ถูกยัดเยียดให้การวิเคราะห์ข้อ จำกัด mtDNA (24) แรก, ที่ 20 ไมโครกรัมของดีเอ็นเอทั้งหมดถูกย่อยค้างคืนที่อุณหภูมิ 37 องศาเซลเซียสมี 40 หน่วย HinfI ข้อ จำกัด endonuclease (Thermo Scientific, สหรัฐอเมริกา) ในปริมาณสุดท้ายของ 50 ไมโครลิตร ย่อยดีเอ็นเอถูกแยกบน agarose gel ที่ 1.2% ใน 1X TBE บัฟเฟอร์ (Tris, บอเรตและ EDTA) ย้อมด้วย ethidium bromide และมองเห็นภายใต้แสงยูวี ความสัมพันธ์ของความคล้ายคลึงกันในหมู่โปรไฟล์แถบได้รับการวิเคราะห์โดยใช้การวิเคราะห์เฉลี่ย (UPGMA) คลัสเตอร์ชั่งคู่เป็นกลุ่มขึ้นอยู่กับค่าสัมประสิทธิ์ลูกเต๋าโดยใช้ซอฟต์แวร์รุ่น PyElph 1.4.

สปีชี่เฉพาะ PCR ขยาย

พันธุ์เฉพาะเครื่องขยายเสียง PCR ได้ดำเนินการตามที่อธิบาย Pereira, et al (25) สั้น ๆ สองชุดที่แตกต่างกันของไพรเมอร์ PCR ถูกนำมาใช้เพื่อขยายภูมิภาค HO จากตัวอย่างดีเอ็นเอของสายพันธุ์ห้องปฏิบัติการและสายพันธุ์ตามธรรมชาติที่ระบุไว้ในตารางที่ 1 หนึ่งชุดของไพรเมอร์ PCR (scho-F และ scho-R) สร้างเพียงครั้งเดียว amplicon 400 bp เมื่อ S. cerevisiae ดีเอ็นเอถูกนำมาใช้เป็นแม่แบบ ไพรเมอร์ชุดเดียวกันสร้าง 300 BP amplicon PCR กับดีเอ็นเอ Saccharomyces pastorianus แต่ชุดที่สองของไพรเมอร์ PCR (LgHO-F / LgHO-R) สร้าง 700 BP amplicon PCR กับดีเอ็นเอ Saccharomyces bayanus ไพรเมอร์เหล่านี้ไม่ได้สร้าง amplicons PCR ใด ๆ กับที่ไม่ใช่ Saccharomyces ยีสต์ดีเอ็นเอ

Results (Thai) 3:

จำกัด fragment length polymorphism ( RFLP ของ DNA mitochondrial แสดง )S . cerevisiae สายพันธุ์ที่อธิบายไว้ใน ตารางที่ 1 แสดงอยู่ภายใต้การวิเคราะห์ข้อ จำกัด ( 24 ) แรก 20 μ G ของดีเอ็นเอทั้งหมดถูกย่อยค้างคืนที่ 37 °องศาเซลเซียส 40 หน่วย hinfi ตัดด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ ( เทอร์โมวิทยาศาสตร์ , USA ) ในปริมาตร 50 ลิตร สุดท้ายμย่อยดีเอ็นเอแยกกันอยู่ 1.2% เจลใน 1X ทีบีบัฟเฟอร์ ( ทริส บอเรตและ EDTA ) , เปื้อนทิเดียมโบรไมด์และ ภาพภายใต้แสงยูวี . ความสัมพันธ์ของความคล้ายคลึงกันระหว่างแถบโปรไฟล์ วิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้ค่าเฉลี่ยถ่วงน้ำหนักแบบกลุ่ม ( UPGMA ) การวิเคราะห์กลุ่มตามลูกเต๋าเท่ากับการใช้ pyelph ซอฟแวร์รุ่น 1.4 .โดยเฉพาะการเพิ่มชนิดชนิด โดยเฉพาะ amplifications มีการปฏิบัติตามที่อธิบายไว้โดย Pereira et al . ( 25 ) สั้นสองชุดที่แตกต่างกันของ PCR ไพรเมอร์เพื่อใช้ขยายเขตโฮจากตัวอย่างดีเอ็นเอจีโนมของสายพันธุ์และสายพันธุ์ห้องปฏิบัติการธรรมชาติที่ระบุไว้ในตารางที่ 1 หนึ่งชุดของ PCR ไพรเมอร์ ( scho-f และ scho-r ) สร้างและเดียว 400 BP เมื่อ S . cerevisiae genomic DNA ที่ถูกใช้เป็นแม่แบบ ไพรเมอร์ชุดเดียวกันสร้าง 300 BP และ PCR กับ Saccharomyces pastorianus จีโนมดีเอ็นเอ อย่างไรก็ตาม ชุดสองของ PCR ไพรเมอร์ ( lgho-f / lgho-r ) สร้าง 700 BP และ PCR กับ Saccharomyces bayanus genomic DNA ไพรเมอร์เหล่านี้ไม่ได้สร้างใด ๆที่ไม่สามารถ amplicons Saccharomyces ยีสต์สกัดดีเอ็นเอ