A method for the detection of antib

A method for the detection of antibiotic resistance markers in clinical
strains of Escherichia coli using MALDI mass spectrometry

Matrix-assisted laser-desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) is one of the
most widely used mass spectrometry based approaches for bacterial identification and classification. The
relatively simple sample preparation requirements and the speed of analysis which can usually be completed
within a few minutes have resulted in the adoption and assimilation of MALDI-TOF MS into the routine diagnostic
workflow of Clinical microbiology laboratories worldwide. This study describes the facilitation of bacterial
discrimination based on antibiotic resistance markers through the implementation of MALDI-TOF MS. The
periplasmic compartment of whole bacterial cells contains several proteins which confer antibiotic resistance
in the Enterobacteriaceae. In order to reduce the complexity of the sample to be analysed via MALDI-TOF MS,
the periplasm was extracted and subjected to in solution tryptic digestion followed by nano-LC separation.
This method, established that peptide sequence biomarkers from several classes of antibiotic resistance proteins
could be predicted using protein/peptide database tools such as Mascot. Biomarkers for a CTX-M-1 group extended
spectrum β-lactamase, CMY-2 an Amp-C β-lactamase, VIM a metallo-β-lactamase, TEM a β-lactamase and
KanR an aminoglycoside modifying enzyme were detected. This allowed for discrimination at a species level
and at an almost identical strain level where the only difference between strains was the carriage of a
modified antibiotic resistance carrying plasmid. This method also was able to detect some of these biomarkers
in clinical strains where multiple resistance mechanisms were present.

Results (Thai) 1:

วิธีการตรวจหาเครื่องหมายต้านทานยาปฏิชีวนะในคลินิกสายพันธุ์ Escherichia coli ใช้ MALDI รเมทเมทริกซ์ช่วยเลเซอร์-desorption/ionisation เวลาของเที่ยวบินโตรเมทรี (MALDI TOF MS) เป็นหนึ่งในกันอย่างแพร่หลายใช้วิธีรเมทตามเชื้อแบคทีเรียรหัสการจัดประเภท ที่ความต้องการการเตรียมตัวอย่างค่อนข้างง่ายและความเร็วของการวิเคราะห์ซึ่งโดยปกติจะเสร็จสมบูรณ์ภายในไม่กี่นาทีทำให้การยอมรับและผสมกลมกลืนของ MALDI TOF MS ในขั้นตอนการวินิจฉัยลำดับงานของห้องปฏิบัติการจุลชีววิทยาคลินิกทั่วโลก การศึกษานี้อธิบายถึงการอำนวยความสะดวกของแบคทีเรียเลือกปฏิบัติตามเครื่องหมายของความต้านทานยาปฏิชีวนะผ่านงานของ MALDI TOF นางสาวช่อง periplasmic เซลล์แบคทีเรียทั้งหมดประกอบด้วยโปรตีนหลายที่ประสาทต้านทานยาปฏิชีวนะใน Enterobacteriaceae เพื่อลดความซับซ้อนของตัวอย่างจะเป็น analysed ผ่าน MS MALDI TOFperiplasm ถูกสกัด และอยู่ภายใต้การแก้ปัญหาการย่อยอาหาร tryptic ตามแยกนาโน LCวิธีการนี้ ก่อตั้งเพปไทด์ที่ลำดับ biomarkers จากชั้นต่าง ๆ ของโปรตีนต้านทานยาปฏิชีวนะสามารถจะทำนายโดยใช้เครื่องมือฐานข้อมูลโปรตีน/เพปไทด์เช่นแมสคอท Biomarkers สำหรับขยายกลุ่ม CTX-M-1สเปกตรัมβ-lactamase, CMY-2 แอมป์-C β-lactamase, VIM เป็น metallo-β-lactamase ยการβ-lactamase และKanR ที่ปรับเปลี่ยนเอนไซม์ aminoglycoside พบการ นี้ได้แบ่งแยกในระดับชนิดและ ที่ระดับต้องใช้เหมือนกับการที่แตกต่างระหว่างสายพันธุ์ขนส่งของปรับเปลี่ยนความต้านทานยาปฏิชีวนะโดย plasmid วิธีการนี้ยังได้ตรวจ biomarkers เหล่านี้อย่างใดอย่างหนึ่งในสายพันธุ์ทางคลินิกที่กลไกความต้านทานหลายอยู่

Results (Thai) 2:

วิธีการตรวจหาเครื่องหมายต้านทานยาปฏิชีวนะในคลินิก
สายพันธุ์ของเชื้อ Escherichia coli โดยใช้มวลสาร MALDI เมทริกซ์ช่วยเลเซอร์คาย / Ionisation เวลาของเที่ยวบินมวลสาร (MALDI-TOF MS) เป็นหนึ่งในส่วนใหญ่ใช้กันอย่างแพร่หลายมวลสาร based แนวทางสำหรับการระบุเชื้อแบคทีเรียและการจัดหมวดหมู่ ตัวอย่างที่ค่อนข้างง่ายต้องการการเตรียมความพร้อมและความเร็วของการวิเคราะห์ซึ่งมักจะสามารถจะแล้วเสร็จภายในเวลาไม่กี่นาทีมีผลในการยอมรับและการดูดซึมของ MALDI-TOF MS เป็นประจำวินิจฉัยขั้นตอนการทำงานของห้องปฏิบัติการจุลชีววิทยาคลินิกทั่วโลก การศึกษาครั้งนี้จะอธิบายถึงการอำนวยความสะดวกของแบคทีเรียแยกตามเครื่องหมายต้านทานยาปฏิชีวนะผ่านการดำเนินการ MALDI-TOF MS ช่อง periplasmic ของเซลล์แบคทีเรียทั้งมีโปรตีนหลายที่มอบต้านทานยาปฏิชีวนะใน Enterobacteriaceae เพื่อที่จะลดความซับซ้อนของกลุ่มตัวอย่างที่จะวิเคราะห์ผ่าน MALDI-TOF MS, periplasm ถูกสกัดและยัดเยียดให้ในการแก้ปัญหาการย่อยอาหาร tryptic ตามด้วยการแยกนาโน LC. วิธีการนี้เป็นที่ยอมรับว่า biomarkers ลำดับเปปไทด์จากหลายชั้นของความต้านทานยาปฏิชีวนะ โปรตีนที่อาจจะมีการคาดการณ์โดยใช้โปรตีน / เปปไทด์เครื่องมือฐานข้อมูลเช่นมิ่งขวัญ Biomarkers สำหรับ CTX-M-1 กลุ่มขยายสเปกตรัมβ-lactamase, CMY-2-C แอมป์β-lactamase, VIM โลหะ-β-lactamase, TEM β-lactamase และKanR aminoglycoside การปรับเปลี่ยนการทำงานของเอนไซม์ที่ถูกตรวจพบ นี้ได้รับอนุญาตสำหรับการเลือกปฏิบัติในระดับสปีชีส์และระดับความเครียดเหมือนกันเกือบที่แตกต่างระหว่างสายพันธุ์เป็นสายการบินของต้านทานยาปฏิชีวนะที่แก้ไขการดำเนินการพลาสมิด วิธีนี้ยังสามารถที่จะตรวจสอบบางส่วนของเหล่านี้บ่งชี้ทางชีวภาพในสายพันธุ์ทางคลินิกที่กลไกการต้านทานหลายอยู่ในปัจจุบัน

Results (Thai) 3:

วิธีการตรวจหาการดื้อยาปฏิชีวนะเครื่องหมายในคลินิก
สายพันธุ์ของเชื้อ Escherichia coli โดยใช้มวลสารมา ดิ

Matrix ช่วยปลดปล่อยเลเซอร์ / ionisation ครั้ง - ของ - เครื่องแมสสเปกโตรเมทรี ( maldi-tof MS ) เป็นหนึ่งใน
ส่วนใหญ่ใช้กันอย่างแพร่หลายมวลสารตามแนวทางการจำแนกเชื้อแบคทีเรียและการจำแนก
ความต้องการการเตรียมตัวที่ค่อนข้างง่ายและความเร็วในการวิเคราะห์ ซึ่งสามารถจะแล้วเสร็จภายในไม่กี่นาที
มีผลในการยอมรับและการผสมผสานของ maldi-tof MS ลงในเวิร์กโฟลว์การวินิจฉัย
ประจำห้องปฏิบัติการจุลชีววิทยาคลินิกทั่วโลก การศึกษานี้กล่าวถึงเอื้ออำนวยแบคทีเรีย
จำแนกตามเครื่องหมายต้านทานยาปฏิชีวนะผ่านการใช้งาน maldi-tof คุณ
ช่อง periplasmic ของเซลล์แบคทีเรียทั้งหมดประกอบด้วยโปรตีนหลายซึ่งพระราชทาน
ต้านทานยาปฏิชีวนะในผิดเพี้ยน . เพื่อลดความซับซ้อนของตัวอย่างที่จะวิเคราะห์ผ่าน maldi-tof MS
การ periplasm ถูกสกัดและภายใต้ในสารละลายอาหารย่อยตามด้วยนาโน LC แยก .
วิธีนี้ ก่อตั้งที่ลำดับเปปไทด์ซึ่งจากหลายชั้นของยาปฏิชีวนะที่สามารถทำนายการใช้โปรตีนต้านทาน
โปรตีนเปปไทด์เครื่องมือฐานข้อมูลเช่น Mascot ใหม่ของกลุ่ม ctx-m-1 ขยายสเปกตรัมบีตา - แลคตาเมส
cmy-2 amp-c บีตา - แลคตาเมส , เป็น ,วิมเป็นเมทัลโล - บีตา - แลคตาเมส tem , บีตา - แลคตาเมสและ
kanr เป็นอะมิโนกลัยโคไซด์จากการตรวจสอบพบ นี้ได้รับอนุญาตให้ปฏิบัติในระดับชนิดและที่
เหมือนกันเกือบความเครียดระดับที่แตกต่างระหว่างสายพันธุ์เป็นรถม้าของ
ปรับเปลี่ยนความต้านทานยาปฏิชีวนะแบกพลาสมิด วิธีการนี้ยังสามารถตรวจสอบบางส่วนของความก้าวหน้าเหล่านี้
ในการพัฒนาสายพันธุ์ที่ต้านทานหลาย
กลไกในปัจจุบัน