Genetical genomics is a strategy fo

Genetical genomics is a strategy for mapping gene expression variation to expression quantitative trait loci (eQTLs). We performed a genetical genomics experiment in four functionally distinct but developmentally closely related hematopoietic cell populations isolated from the BXD panel of recombinant inbred mouse strains. This analysis allowed us to analyze eQTL robustness/sensitivity across different cellular differentiation states. Although we identified a large number (365) of “static” eQTLs that were consistently active in all four cell types, we found a much larger number (1,283) of “dynamic” eQTLs showing cell-type–dependence. Of these, 140, 45, 531, and 295 were preferentially active in stem, progenitor, erythroid, and myeloid cells, respectively. A detailed investigation of those dynamic eQTLs showed that in many cases the eQTL specificity was associated with expression changes in the target gene. We found no evidence for target genes that were regulated by distinct eQTLs in different cell types, suggesting that large-scale changes within functional regulatory networks are uncommon. Our results demonstrate that heritable differences in gene expression are highly sensitive to the developmental stage of the cell population under study. Therefore, future genetical genomics studies should aim at studying multiple well-defined and highly purified cell types in order to construct as comprehensive a picture of the changing functional regulatory relationships as possible.

Results (Thai) 1:

Genetical genomics เป็นกลยุทธ์สำหรับเปลี่ยนแปลงนิพจน์ยีนแม็ปการนิพจน์เชิงปริมาณติด loci (eQTLs) เราดำเนินการทดลอง genetical genomics ในประชากรเซลล์กำเนิดของเม็ดเลือดที่มีฟังก์ชันที่แตกต่างกัน แต่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด developmentally สี่แยกต่างหากจากแผง BXD ของ recombinant inbred เมาส์สายพันธุ์ วิเคราะห์นี้ทำให้เราวิเคราะห์เสถียรภาพ/ความไว eQTL ทั่วอเมริกาสร้างความแตกต่างของเซลล์แตกต่างกัน ถึงแม้ว่าเราระบุจำนวน (365) eQTLs "คง" ที่ถูกใช้งานอย่างสม่ำเสมอในทุกเซลล์ 4 เราพบหมายเลขขนาดใหญ่ (1,283) ของ eQTLs "ไดนามิก" แสดงเซลล์ชนิด – พึ่งพา เหล่านี้ 140, 45, 531 และ 295 ก็โน้ตงานก้าน progenitor, erythroid และ เซลล์ชนิดไมอิลอยด์ ตามลำดับ ตรวจสอบรายละเอียดของ eQTLs แบบไดนามิกที่แสดงให้เห็นว่า ในหลายกรณี eQTL specificity เกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงนิพจน์ในยีนเป้าหมาย เราพบหลักฐานไม่สำหรับยีนเป้าหมายที่ถูกกำหนด โดย eQTLs ทั้งหมดในเซลล์ต่างชนิด แนะนำเปลี่ยนแปลงขนาดใหญ่ภายในเครือข่ายทำงานที่กำกับดูแลเรื่องแปลก ผลของเราแสดงให้เห็นถึงแตกต่าง heritable ในยีนความไวสูงระยะพัฒนาประชากรเซลล์ภายใต้การศึกษา ดังนั้น genetical genomics ในอนาคตการศึกษาควรมุ่งศึกษาหลายเซลล์โดย และบริสุทธิ์สูงชนิดเพื่อสร้างภาพความสัมพันธ์กำกับดูแลหน้าที่เปลี่ยนเป็นเป็นครอบคลุม

Results (Thai) 2:

ฟังก์ชั่น genetical เป็นกลยุทธ์สำหรับการเปลี่ยนแปลงการแสดงออกของยีนทำแผนที่เพื่อ loci ลักษณะเชิงปริมาณการแสดงออก (eQTLs) เราดำเนินการฟังก์ชั่นพันธุศาสตร์การทดลองในสี่ที่แตกต่างกันตามหน้าที่ แต่การพัฒนาที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดประชากรเซลล์เม็ดเลือดที่แยกได้จากแผง BXD สายพันธุ์เมาส์กำเนิด recombinant การวิเคราะห์นี้จะช่วยให้เราสามารถวิเคราะห์ความแข็งแรง eQTL / ไวทั่วรัฐแตกต่างโทรศัพท์มือถือที่แตกต่างกัน ถึงแม้ว่าเราจะระบุเป็นจำนวนมาก (365) ของ "คงที่" eQTLs ที่มีการใช้งานอย่างต่อเนื่องในทุกสี่ประเภทมือถือที่เราพบเป็นจำนวนมากมีขนาดใหญ่ (1283) ของ "ไดนามิก" eQTLs แสดงเซลล์ชนิดพึ่งพา ในจำนวนนี้มี 140, 45, 531, 295 และมีการใช้งานตัวในต้นกำเนิดรากเหง้า, เม็ดเลือดแดงและเซลล์เม็ดเลือดขาวชนิดตามลำดับ ตรวจสอบรายละเอียดของ eQTLs แบบไดนามิกเหล่านั้นแสดงให้เห็นว่าในหลายกรณีความจำเพาะ eQTL เป็นคนที่เกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงการแสดงออกของยีนเป้าหมาย เราพบหลักฐานยีนเป้าหมายที่ถูกควบคุมโดย eQTLs แตกต่างกันในเซลล์ชนิดที่แตกต่างกันไม่ได้ชี้ให้เห็นว่าการเปลี่ยนแปลงขนาดใหญ่ที่อยู่ในเครือข่ายการกำกับดูแลการทำงานเป็นเรื่องผิดปกติ ผลของเราแสดงให้เห็นว่าความแตกต่างทางพันธุกรรมในการแสดงออกของยีนที่มีความไวสูงในการขั้นตอนการพัฒนาของประชากรเซลล์ภายใต้การศึกษา ดังนั้นฟังก์ชั่นการศึกษาพันธุศาสตร์ในอนาคตควรมีจุดมุ่งหมายที่จะศึกษาหลายดีที่กำหนดและบริสุทธิ์สูงเซลล์ชนิดเพื่อสร้างเป็นภาพที่ครอบคลุมของการเปลี่ยนแปลงความสัมพันธ์กับการกำกับดูแลการทำงานที่เป็นไปได้

Results (Thai) 3:

พันธุศาสตร์พันธุกรรมเป็นกลยุทธ์สำหรับการทำแผนที่ยีนลักษณะปริมาณการเปลี่ยนแปลงการแสดงออกของ ( eqtls ) เราได้ทำการทดลองในพันธุศาสตร์ในสี่หน้าที่แตกต่างกันแต่เกี่ยวข้องกันอย่างใกล้ชิดกับพัฒนาการของเซลล์เม็ดโลหิตประชากรที่แยกจากแผง bxd recombinant เมาส์สายพันธุ์สายพันธุ์การวิเคราะห์นี้จะอนุญาตให้เราวิเคราะห์ความไว eqtl / ข้ามรัฐการเปลี่ยนสภาพของเซลล์ต่าง ๆ ถึงแม้ว่าเราจะระบุตัวเลขขนาดใหญ่ ( 365 ) ของ " คงที่ " eqtls ที่ถูกใช้งานอย่างต่อเนื่องในรูปแบบสี่เซลล์ทั้งหมดที่เราพบเป็นจำนวนขนาดใหญ่มาก ( 1217 ) ของ " พลวัต " eqtls แสดงเซลล์อิสระ–ชนิด ของเหล่านี้ , 140 , 45 , 531 , 295 กำลังอยู่ preferentially ในลำต้นต้นตระกูล erythroid , และเซลล์ชนิด ตามลำดับ ตรวจสอบรายละเอียดของแบบไดนามิก eqtls พบว่าในหลายกรณี eqtl เฉพาะเจาะจงที่เกี่ยวข้องกับการแสดงออกในการเปลี่ยนแปลงยีนเป้าหมาย เราไม่พบหลักฐานที่ถูกควบคุมโดยยีนเป้าหมายที่แตกต่างกัน eqtls ในเซลล์ต่าง ๆ แนะนำว่า การเปลี่ยนแปลงขนาดใหญ่ภายในเครือข่ายองค์กรแบบพิสดารผลของเราแสดงให้เห็นว่า ความแตกต่างสามารถในการแสดงออกของยีนที่มีความไวสูงเพื่อพัฒนาการขั้นเซลล์ประชากรศึกษา ดังนั้นในอนาคตควรมีการศึกษามุ่งศึกษาพันธุศาสตร์ในรูปบริสุทธิ์สูงหลายประเภทของเซลล์ในการสร้างเป็นภาพของการเปลี่ยนแปลงครอบคลุมการทำงานด้านความสัมพันธ์ที่เป็นไปได้